В некоторых списках ХV–ХVII вв. дополнительные шесть глав отсутствуют. «Богословие» рано вошло в русскую литературу, под названием «Книга Уверье» оно было известно ещё составителю Сказания о Борисе и Глебе (вторая половина ХI в.). В XVI в. оно было включено в состав Великих Миней Четьих  Московского митрополита Макария (4 декабря, в день памяти Иоанна Дамаскина). Исследователям известны не менее 82 списков «Богословия» ХII–ХVIII вв. и около 20 рукописей с его фрагментами. Оно переписывалось в таких важных русских средневековых центрах книжности, как Троице-Сергиев, Иосифов Волоколамский, Кириллов Белозерский и Соловецкий монастыри. Во второй четверти XVII в. на Московском Печатном дворе готовилось издание «Богословия» в переводе Иоанна Экзарха, однако оно не было осуществлено. «Шестоднев», как считают большинство исследователей, является произведением с оригинальной авторской концепцией: Иоанн Экзарх основательно переработал «Шестодневы» Василия Великого, Габальского епископа Севериана и добавил цитаты из сочинений Иоанна Златоуста, Кирского епископа Феодорита, Иоанна Дамаскина, Аристотеля (в переработке византийского монаха Мелетия, IХ в.), а также, как полагают исследователи, из «Диалогов» Кесария, Космы Индикоплова, «Физиолога», диалогов «Тимей» и «Кратил» Платона. Рассматривается вопрос об авторстве Иоанна Экзарха около трети общего объёма текста, источники которого не установлены: исследователи не сомневаются, что ему принадлежат начало и конец «Пролога», описание столицы и болгарской знати в первом Слове и в шестом Слове, а также, возможно, первая часть шестого Слова и ряд фрагментов. Время создания «Шестоднева» исследователи определяют, исходя из титулования Симеона князем, т.е. до получения болгарским правителем царского титула (913 г.). При этом уже 921 г. датируются составленный Симеоном Хронограф, в котором есть фрагменты «Шестоднева», и краткий «Шестодневец». Изначально текст, как полагают исследователи, был написан глаголицей. В настоящее время исследователям известны 65 полных списков «Шестоднева» Иоанна Экзарха и более 30 неполных или отрывков. Старший список 1263 г. (Исторический музей) был переписан в монастыре Хиландар сербским книжником Феодором Грамматиком, принесён на Русь в ХVII в. Арсением (Сухановым) и описан Константином Фёдоровичем Калайдовичем. Все списки исследователи делят на три редакции – две южнославянские, каждая из которых представлена одним списком, упомянутым сербским 1263 г. (Исторический музей) и болгарской рукописью третьей четвертью XIV в. (Исторический музей), и русскую, которую исследователи делят на четыре подредакции (раннюю русскую, русифицированную (среднеболгарскую или вторю болгарскую по происхождению), позднюю русскую и промежуточную).