Ни одна русская подредакция не соприкасается с южнославянскими редакциями; по мнению исследователей, ранняя русская подредакция восходит к несохранившейся староболгарской рукописи, переписанной на Руси ещё в Х–ХI вв., – в Болгарии в ХIV–ХV вв. появилась вторая южнославянская (болгарская) редакция, которая сохранилась только в русских списках Белозерско-Барсовской ветви традиции. Из рукописи 1263 г. К.Ф. Калайдович опубликовал «Пролог» и Слово 1 (полностью текст рукописи издавался на русском языке Осипом Максимовичем Бодянским и Александром Николаевичем Поповым, Галиной Серафимовной Баранковой и на болгарском языке Н. Кочевым). По рукописи XV в. (Российская государственная библиотека, Московская духовная академия) «Шестоднев» издал с переводом на немецкий язык Р. Айцетмюллер. Описание «Шестоднева» по пяти спискам составили в 1859 г. А.В. Горский и К.И. Невоструев; неоднократно издавались отдельные Слова (Шестоднев. 1991 г.; Шестоднев. 1996 г.и др.). Произведение состоит из предисловия («Пролога») и шести Слов, в которых, как и полагается средневековому жанру гекзамерона, по дням излагается порядок сотворения мира Богом. Помимо последовательного изложения согласно первым главам книги Бытие сотворения небес и земли, света и тьмы, суши, моря, растений и проч. «Шестоднев» Иоанна Экзарха содержит достаточно обширные сведения по философии, космологии, физике, математике, астрономии, астрологии, географии, ботанике, зоологии, анатомии, физиологии и др. В первых Словах, которые являются компиляцией «Шестодневов» Василия Великого и Севериана Габальского, весьма полемично рассматривается онтологический вопрос о начале бытия и его устроения и опровергаются материалистические взгляды некоторых древнегреческих философов с целью уберечь церковное учение от ересей. В духе монизма Иоанн Экзарх считает, что видимый свет (материя) вторичен и сотворён из разумной первопричины (Бога) и что выделение одной субстанции (воды, огня или воздуха) как первичной неприемлемо. В Слове 1 он затрагивает понятие развития в природе и объясняет движение как свойство Божественной творческой силы. В Слове 2, источники которого исследователи не установили, автор защищает теорию о четырёх элементах (земле, воздухе, огне, воде), составляющих видимое творение, и их деление на две пары с противоположными качествами (вода – огонь, земля – воздух), но при этом не считает их имманентными материи. Слова 3–6, описывающие «видимое творение», по сути, являются трактатами по географии, астрономии, астрологии, ботанике, зоологии и антропологии с цитатами из сочинений Василия Великого. Слово 3 посвящено воде и растениям: в нём перечисляются названия близких и дальних морей, стран, народов, при этом точные географические сведения перемешаны с легендами, например, с мифом о четырёх реках, вытекающих из рая.