Некоторые исследователи считают, что речь здесь идёт об Иоанне Экзархе, а эпитет «новый» использован для его отличия от Иоанна Златоуста и других святых с таким же именем, и что это упоминание является самым ранним свидетельством его почитания. При этом предположения о тождестве Иоанна Экзарха и Иоанна Рильского (епископ Парфений Левкийский) исследователи считают неубедительными. В месяцеслове болгарского Апостол-Евангелия апракос ХIII в. (рукопись погибла в 1941 г.) день смерти Иоанна Экзарха был отмечен под 31 января. В этот день указан тропарь пятого гласа: «Чудеса святых мученик (и) крепость неразоренную даровав, молитвами их языческую жизнь уничтожи и власть царя утверди, Ты единый милосердный». Исследователи высказывали предположение, что тропарь происходит из несохранившейся службы или канона святому, однако считают столь же вероятным, что гимнография Иоанна Экзарха этим тропарём и ограничивалась. Исходя из текста тропаря, некоторые исследователи предполагают, что Иоанн Экзарх участвовал в свержении с болгарского престола вернувшегося к язычеству князя Владимира (Расате) и в воцарении Симеона. Кроме того, память Иоанна Экзарха (без уточнения «болгарский») встречается под 31 июля в ряде месяцесловов Евангелий и Апостолов XII – первой половины XIV вв.: древнейшая без каких-либо сведений о святом – в древнерусском Четвероевангелии XII в. (Российский государственный архив древних актов); «священия Иоанна екзарха» – в Четвероевангелии середины XIII в. (Национальная библиотека имени святых Кирилла и Мефодия); в сербских Евангелии-апракос ХIII в., в Четвероевангелии короля Милутина (обнаружена О.В. Лосевой) и в отрывке Евангелия-тетр первой трети ХIV в. (обнаружена Анатолием Аркадьевичем Туриловым). Хотя на Руси его произведения стали известны ещё в XI в., а в ХII в. получили широкое распространение, о чём свидетельствуют русские списки этого периода, самая ранняя память, не зафиксированная в более поздних русских рукописях, отражает, по мнению исследователей, не почитание Иоанна Экзарха на Руси, а болгарский оригинал месяцеслова и почитание Иоанна Экзарха в Болгарии. Исследователи не пришли к выводу, о чём свидетельствует наличие двух дней памяти – о первоначальном широком почитании Иоанна Экзарха или об изменении даты в силу каких-либо обстоятельств (на что может указывать, по мнению исследователей, один и тот же день памяти в июле и январе). Июльская память не может отражать назначение Иоанна Экзарха экзархом или его посвящение во епископа, т.к. слово «священие» относится к сокращённому переписчиками известию об освящении церкви Пресвятой Богородицы во Влахернах (ср.: Российский государственный архив древних актов). По сути, это та же январская память, только в другом календарном стиле (одна по мартовскому, другая по сентябрьскому, что является, по мнению исследователей, отражением праболгарского календаря, в котором месяцы обозначались порядковыми числительными), но вопрос, какой из двух дней правильный, остаётся открытым. Исследователи полагают, что основным днём почитания Иоанна Экзарха первоначально было 31 января.