О начале его почитания у исследователей нет каких-либо данных, но о возникновении почитания уже вскоре после смерти свидетельствует древнейшая память в русском Четвероевангелии XII в. В то же время памяти в месяцесловах Евангелий XIII–XIV вв. при отсутствии Жития святого (хотя бы проложного) и службы ему едва ли свидетельствуют о живой традиции почитания Иоанна Экзарха в эту эпоху и, скорее, отражают древние оригиналы. Многие исследователи сомневались в том, что это памяти именно Иоанна Экзарха, и ссылались на возможность его смешения с соимёнными святыми, а также на отсутствие посвящённой ему службы и Жития Иоанна Экзарха. Но отмечают, что при большом числе соимённых святых с титулом «экзарх» упоминается только один, а тропарь при древнейшей памяти свидетельствует, что в честь святого вполне могли существовать гимнографические произведения, которые не сохранились. В современные церковные календари имя Иоанна Экзарха не включается. Имя Иоанна Экзарха как автора указано в названиях «Богословия», «Шестоднева», несколько Слов и Похвал, ему приписываются также некоторые другие произведения. «Богословие» является переводом догматического трактата Иоанна Дамаскина «Точное изложение православной веры» из догматической трилогии «Источник знания» (середина VIII в.), которая на протяжении веков являлась одним из главных догматических и философских изложений в византийском богословии. В славянской традиции, особенно в поздних русских списках, это сочинение, в основном, встречается под названием «Небеса» по первой главе произведения. Перевод предваряет предисловие, которое может считаться не только первым, но и самостоятельным литературным произведением Иоанна Экзарха, хотя выдвигались версии об использовании автором различных византийских образцов. «Пролог» состоит из двух частей: исповеди (исследователи расценивают её как проявление «этикетной скромности») и изложения принципов перевода. Вторая часть предисловия, как важная в грамматическом отношении статья и теоретическая установка для переводчиков, часто включалась в состав Азбуковников либо распространялась самостоятельно. Некоторые исследователи считают, что на основе «Пролога» неизвестным автором или Иоанном Экзархом был создан текст, сохранившийся в «Македонском листке» (XI – начало XII вв.). Из сотни глав трактата Иоанна Дамаскина Иоанн Экзарх, как полагают исследователи, лично выбрал только 48, большинство из них догматического характера и несколько по естествознанию, психологии и антропологии, которые направлены против астрологических верований. К ним он добавил ещё шесть глав, составленных из цитат из произведений Григория Нисского, Феодорита Кирского, а также, возможно, Епифания Кипрского, Патарского епископа Мефодия и неизвестного автора, писавшего под именем Кесарий. Самый ранний список под заглавием «Слово о правой вере» находится в русской рукописи первой половины ХII в. (Исторический музей).