Впоследствии из-за литургической загруженности, связанной с пасхальным циклом, Иустин Философ стал поминаться 1 июня, по примеру византийских и греческих календарей. Сведения о месте погребения Иустина Философа отсутствуют. В средневековой традиции Иустин Философ мог отождествляться с пресвитером Иустином, фигурирующим в агиографических легендах лаврентиевского цикла, гробницу которого указывали в базилике св. Лаврентия в Риме. Папа Урбан VIII (1623–1644 гг.) подарил римскому монастырю Ордена капуцинов (Санта-Мария-делла-Кончеционе) мощи Иустина Философа, происхождение которых исследователям неизвестно. В 1992 г. мощи были перенесены в приходскую церковь св. Иустина в квартале Алессандрино в Риме. Особо торжественное празднование памяти Иустина Философа совершалось в римской базилике Санта-Пуденциана, поблизости от которой, по мнению некоторых исследователей, располагалась школа святого. Первоначальное здание базилики было сооружено в конце IV в. на основе терм II в., однако отождествление их с термами, упомянутыми в «Актах Иустина», остаётся недоказанным. Память Иустина Философа отмечается в Типиконе Великой церкви IX–XI вв. 1 июня без богослужебного последования. В Студийско-Алексиевском Тпиконе 1034 г. Иустин Философ не упоминается, однако в рукописных Минеях студийской традиции (например, Исторического музея, XII в.) содержится последование Иустину Философу, состоящее из канона, стихир и седальнов. Согласно Евергетидскому Типикону второй половины XI в., последование Иустину Философу включает канон второго гласа авторства Игнатия, цикл стихир и седален. В Мессинском Типиконе 1131 г. 1 июня назначается служба с пением на утрене «Аллилуия». Аналогичные указания имеются в ранних редакциях Иерусалимского устава (например, XII–XIII вв.) и первопечатном греческом Типиконе 1545 г. В первопечатном московском Типиконе 1610 г. 1 июня излагается устав соединения службы Иустину Философу без знака с будничным последованием Октоиха; помимо канона, стихир и седальна указывается кондак Иустину Философу. В исправленном издании московского Типикона 1682 г. в последование Иустину Философу был добавлен общий отпустительный тропарь мученикам. Последование Иустину Философу, содержащееся в современных богослужебных книгах, включает: общий отпустительный тропарь четвёртого гласа, кондак второго гласа (только в руссском); канон (указан уже в Евергетидском Типиконе) второго гласа, ирмос (начало: «Мученическими украшени светлостьми»); цикл стихир-подобнов; седален. В этих песнопениях прославляется Иустин Философ и пострадавшие с ним мученики. В рукописях также сохранилось последование, посвящённое только Иустину Философу, состоящее из канона авторства Георгия Никомидийского, с акростихом «Заградил Иустин язычников уста» первого гласа, ирмос (начало: «Из неиссякающих источников»), цикла стихир-подобнов и седальна.