Одним из обвинений, которые выдвигались в адрес Иосифа и его последователей, была жестокость по отношению к еретикам. Иосиф отказывался принимать в христианскую общину раскаявшихся еретиков и предлагал отправлять их в заточение, при этом преподобный осуждал практику заточения еретиков в монастырях. Нераскаявшиеся еретики, по мнению волоцкого игумена, подлежали смертной казни. Жесткость его позиции была обусловлена представлением о том, что раскаяние еретиков часто бывает ложным, и они продолжают распространять лжеучения, а это, по мнению Иосифа, ведёт к гибели государства, примеры чему он приводил в своих сочинениях. По свидетельству епископа Саввы, против Иосифа в этом вопросе выступили многие епископы и старцы: «Начаша Иосифа многыми хулами и поношенми укаряя, глаголюще: яко Иосиф не велит кающыхся на покаяние приимати». По мнению исследователей, самым ранним полемическим сочинением, в котором выражено несогласие со взглядами Иосифа относительно наказания еретиков, является текст, опубликованный Борисом Михайловичем Клоссом, который ошибочно атрибутировал его Иосифу. Анонимный автор в ответ на призыв к участию в преследовании лжеучителей пишет о Божьем долготерпении, приводя примеры из ветхозаветной истории, и советует своему адресату возложить надежды на Бога. Сочинением, направленным против позиции Иосифа в вопросе об отношении к еретикам, является «Ответ кирилловских старцев», который исследователи датируют концом 1504 г. В «Ответе...» опровергаются аргументы Иосифа в пользу необходимости казни еретиков. Исследователи не исключают вероятность того, что инициатором «Ответа...» был живший на покое в Кирилловом Белозерском монастыре митрополит Зосима, которого обвиняли в причастности к ереси жидовствующих и у которого поэтому были основания опасаться за свою судьбу в случае применения к еретикам смертной казни. Ответом Иосифа Волоцкого на выступление его противников стало «Послание о соблюдении соборного приговора 1504 г.» 1504/1505 г. Не позднее 1511 г. в полемику с Иосифом вступил Вассиан (Патрикеев), который стал «великим временным человеком» при дворе великого князя Василия III. Из «Послания» Иосифа дворецкому Василию Андреевичу Челяднину (Челядину) исследователи сделали вывод, что Вассиан составлял послания, в которых уподоблял Иосифа еретику Навату. Сочинением, в котором Иосиф сравнивался с еретиком Наватом, является «Слово на «Списание Иосифа»», где опровергаются аргументы Слова 13 «Книги на новгородских еретиков» о необходимости казнить еретиков.