В историографии оформилось две точки зрения на начало этой полемики. Наталия Александровна Казакова, Юрий Константинович Бегунов, Нина Васильевна Синицына относят начало полемики к спору между основателями иосифлянства и нестяжательства – преподобными Иосифом Волоцким и Нилом Сорским на Соборе 1503 г., а её главной темой считают вопрос о праве монастырей владеть сёлами. По мнению, которое разделяют Яков Соломонович Лурье, А.А. Зимин, Галина Николаевна Моисеева и Игорь Владимирович Курукин, полемика началась не раньше 1508 г. в связи с вопросом о казнях еретиков (см. Жидовствующие). Дмитрий Васильевич Островский и Андрей Иванович Плигузов считали, что письменная полемика была открыта не раньше 1511–1512 гг. князем-иноком Вассианом (Патрикеевым), а спор о монастырских землях начался не раньше 1517 г. Первым пунктом разногласий между иосифлянами и нестяжателями стал вопрос об отношении к тому, что «святители и монастыри земли держат». Нестяжатели поддержали великого князя Ивана III в стремлении ликвидировать или существенно ограничить церковное землевладение, а иосифляне стремились обосновать необходимость наличия сёл у церковных корпораций. Первые сведения о разногласиях между преподобными Иосифом Волоцким и Нилом Сорским относятся к 1503 г. В «Письме о нелюбках...» сообщается, что на Соборе в августе или в сентябре 1503 г. после вынесения соборного приговора о запрещении служить вдовым священникам и диаконам «нача старец Нил глаголати, чтобы у манастырей сёл не было, а жили бы черньцы по пустыням, а кормили бы ся рукоделием, а с ним пустынникы белозерские». Иосиф «нача им вопреки глаголати, приводя на свидетельство святого преподобнаго Феодосиа, общему житию начялника, и святого преподобного Афонасиа Офоньскаго, и святых преподобных отец Антониа и Феодосиа, Печерскых чюдотворцов, и иных многих манастырей, еже у них сёла». Затем Иосиф заявил: «Аще у манастырей сёл не будет, како чесному и благородному человеку постричися? И аще не будет честных старцов, отколе взяти на митрополию, или архиепископа, или епископа и на всякие честные власти? А коли не будет честных старцов и благородных, ино вере будет поколебание». Точка зрения Иосифа возобладала. О том, что на Соборе 1503 г. был поставлен вопрос о праве церковных учреждений владеть сёлами, свидетельствуют и другие источники: «Соборный ответ» 1503 г. в двух редакциях, «Слово иное», анонимное Житие Иосифа Волоцкого в двух редакциях, принадлежащее перу Вассиана (Патрикеева) «Прение с Иосифом». Исследователи считают показательным, что два из этих памятников вышли из лагеря противников волоцкого игумена, что позволяет им рассматривать известия о спорах на Соборе 1503 г. как достоверные. В ответ на составленные противником иосифлян Вассианом (Патрикеевым) три редакции Кормчей книги, в которых тот стремился показать неканоничность существования монастырских вотчин, митрополит Даниил составил Сводную Кормчую (Российская государственная библиотека), в которую вошли правила, обосновывающие неприкосновенность церковных и монастырских имений. В окружении митрополита Даниила был создан сборник Российской национальной библиотеки, в котором представлено две компиляции – в защиту заупокойно-поминального богослужения (заупокойные вклады были основным источником монастырского землевладения) и церковного имущества.