24 февраля 1544 г. Савва (Чёрный) был хиротонисан во епископа Крутицкого, Трифон (Ступишин) занял пост архимандрита Симонова монастыря. В конце 1549 г. архимандрит Нифонт (Кормилицын) сопровождал царя Ивана IV в походе на Казань, в ближайшее окружение провожавшего царя до Владимира митрополита Макария входили Крутицкий епископ Савва (Чёрный) и архимандрит Симонова монастыря Трифон (Ступишин; Полное собрание русских летописей, том 13). 10 марта 1549 г. Трифон был поставлен епископом в Суздаль, а его преемником в Симоновом монастыре стал брат Алексий (Ступишин). В Полоцком походе 1563 г. царя Ивана IV сопровождал среди других лиц волоцкий игумен Леонид (Полное собрание русских летописей, том 13). Ко времени Стоглавого Собора 1551 г. постриженики Волоколамской обители занимали пять из десяти русских архиерейских кафедр (Новгородский архиепископ Феодосий, епископы Савва Крутицкий, Гурий Смоленский, Трифон Суздальский, Акакий Тверской). По мнению исследователей, отстаивание на Соборе Новгородским архиепископом Феодосием церковного землевладения навлекло на него неудовольствие светских властей и вызвало его отставку в мае 1551 г.; вскоре, до 18 июня того же года, оставил свой пост Суздальский епископ Трифон (Ступишин). В мае 1553 г. царь Иван IV посетил Пешношский монастырь и беседовал с жившим там на покое племянником Иосифа Вассианом (Топорковым). По наблюдениям А.А. Зимина, «там, где правительство нуждалось в крутых мерах для подчинения недавно присоединённых территорий, на важнейшие церковные должности назначались постриженики Волоцкого монастыря». 3 (или 7) февраля 1555 г. архиереем на новоучреждённую Казанскую кафедру был поставлен игумен Иосифова монастыря Гурий (Руготин). В помощь архиепископу Гурию были даны волоцкий старец Герман (Ленков) и волоцкий постриженик Герман (Садыров-Полевой), который стал настоятелем Свияжского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. Преемниками Гурия на Казанской кафедре из числа пострижеников Иосифова монастыря были Герман (Садырев-Полевой; 1564–1567 гг.), Лаврентий (1568–1574 гг.), Тихон (Хворостинин; 1575–1576 гг.) и Иеремия (1576–1581 гг.). В период архиепископства Иеремии произошло обретение Казанской иконы Божьей Матери. В 1563 г. на Полоцкую архиепископскую кафедру был назначен бывший Суздальский епископ Трифон (Ступишин). Другой важнейшей кафедрой, которая длительное время замещалась иосифлянами, была Крутицкая (Сарская и Подонская); Крутицкие епископы были ближайшими помощниками митрополитов. После епископа Саввы (Чёрного; 1544–1554 гг.) Крутицкую кафедру в 1554–1558 гг. занимал Нифонт (Кормилицын), в 1565–1568 гг. – бывший игумен Иосифова монастыря Галактион. Последним Крутицким епископом из числа волоцких пострижеников был Симеон (около 1580 – 1582 гг.). После ухода с митрополичьей кафедры Афанасия царь Иван IV предлагал Казанскому архиепископу Герману (Садыреву-Полеву) возглавить церковь, но тот отказался одобрить опричные порядки и в ноябре 1567 г. был убит. Согласно Житию митрополита Филиппа, архиепископ Герман был единственным иерархом, который поддержал Филиппа в конфликте с царём. Волоколамский монастырь в годы опричнины не пострадал, с ним была связана семья такого видного опричника, как Малюта Скуратов.