Пытаясь препятствовать разрушению епархиального управления, священноначалие учреждало новые церковные структуры. Так, в 1924 г. было открыто Нижнеудинское викариатство, просуществовавшее до лета 1929 г. В 1931 г. указом обновленческого синода была образована Восточно-Сибирская митрополия с центром в Иркутске. В её состав вошли Иркутская, Киренская, Читинская, Сретенская, Канская, Красноярская, Верхнеудинская, Якутская епархии, однако развития эта структура не имела и скоро прекратила существование. Иркутской обновленческой епархией управляли: Николай Чижов (1922–1923 гг.), Василий Виноградов (1923–1926 гг.), Илья Фокин (1927–1928 гг.), Владимир Злобин (1928–1930 гг.), Пётр Добринский (1930–1931 гг.), Алексей Копытов (1931–1932 гг.), Константин Знаменский (1934–1938 гг.). В 1933 г. в Иркутске оставалось 19 священников. В конце 1937 г. в центре епархии действовали четыре храма, один из которых принадлежал обновленцам. В 1937–1938 гг. по безосновательным обвинениям 98 духовных лиц были расстреляны, а 17 отправлены в лагеря. На рубеже 1930 и 1940 гг. все православные храмы епархии были закрыты. В Иркутске последней была закрыта Преображенская церковь, богослужения в которой прекратились в сентябре 1940 г. После ареста в сентябре 1937 г. Иркутского архиепископа Павла (Павловского) и вскоре последовавшей его смерти в тюрьме Иркутская епархия оставалась вдовствующей больше десяти лет. В 1943–1948 гг. Иркутская кафедра находилась под управлением Новосибирского и Барнаульского архиепископа Варфоломея (Городцова). В мае 1943 г. было получено разрешение на открытие единственного в регионе храма – Крестовоздвиженской церкви в Иркутске. В 1943–1948 гг. решением Совета по делам РПЦ в Иркутской области верующим было возвращено 17 церквей, из которых действующими стали 15: Троицкую церковь в Иркутске (использовавшуюся под планетарий) и Успенскую церковь в селе Барлук (использовавшуюся как клуб) общинам не передали из-за противодействия местных властей. В 1943–1947 гг. были восстановлены следующие приходы: в Иркутске – Крестовоздвиженский (май 1943 г.), Михаило-Архангельский (июнь 1945 г.) и Знаменский (октябрь 1945 г., был кафедральным собором в 1949–1999 гг.), в Тулуне – Николаевский (май 1945 г.) и Покровский (июнь 1946 г.), в Тельме – Казанский (декабрь 1944 г.), в Верхоленске – Воскресенский (1945 г.), в Зиме – Николаевский (март 1945 г.), в Листвянке – Николаевский (октябрь 1945 г.), в Буре – Петропавловский (март 1946 г.), в Черемхове – Николаевский (июль-август 1946 г.), в Слюдянке – Николаевский (декабрь 1946 г.), в Бодайбо – Христорождественский (октябрь 1946 г.), в Нижнеудинске – Николаевский (июнь 1946 г.), в посёлке Суетиха (ныне Бирюсинск) – Иннокентиевский (июнь 1947 г.). Помимо названных приходов в ведении Иркутского архиепископа к началу 1950 гг. состояли два прихода в Читинской области и два прихода в Бурят-Монгольской АССР. С 1945 г. в Иркутской епархии действовала свечная мастерская. Восстановление церковной жизни в регионе позволило Священному Синоду 3 июня 1948 г. воссоздать Иркутскую епархию, которую возглавил вернувшийся из Харбина архиепископ Ювеналий (Килин; 1948–1949 гг.).