Ревностным просветителем сибирских народов стал Иркутский архиепископ Парфений (Попов; 1860–1873 гг.). Он подал в Синод ходатайство об открытии в епархии двух миссий – Иркутской и Забайкальской. 25 мая 1861 г. были учреждены Селенгинское викариатство Иркутской епархии и Забайкальская духовная миссия с центром в Посольском монастыре. Селенгинский епископ по должности был начальником миссии и настоятелем монастыря, он же возглавлял Забайкальское отделение Православного миссионерского общества, которое взяло на себя финансирование миссии. Первым Селенгинским епископом стал Вениамин (Благонравов), хиротонисанный 20 мая 1862 г. Он считал, что миссионерская деятельность должна сочетаться с русификацией бурят, большую роль в этом процессе отводил школам. В Посольском монастыре в 1862 г. было открыто миссионерское училище для подготовки мальчиков-бурят к миссионерскому служению. Епископ Вениамин основал около десяти миссионерских станов с церквами, со школами, с богадельнями и больницами, увеличил число крещений язычников до 2 тыс. в год. Большую заботу епископ проявлял о Японской православной миссии. В 1861–1866 гг. в Иркутском отделении духовной миссии было десять миссионерских станов: Тункинский, Аларский, Балаганский, Идинский, Капсальский, Кудинский, Верхоленский, Ленский, Ольхонский, Китойский. В штате Иркутского отделения в 1866 г. состояли семь миссионеров, в 1861–1873 гг. крестились почти 10 тыс. коренных жителей. В 1867–1873 гг. в пределах Иркутской миссии были построены семь миссионерских храмов, два молитвенных дома. В 1875 г. в Иркутском отделении духовной миссии действовали 15 миссионерских станов, устроенных среди кочевий бурят. В составе миссии кроме начальника числились три иеромонаха, 15 священников, два диакона, 13 псаломщиков (из них два бурята); в 1875 г. они крестили 1729 коренных жителей. В 1863 г. началось издание «Иркутских епархиальных ведомостей», продолжавшееся до 1919 г.; в 1863–1894 гг. издание выходило еженедельно, с 1895 г. – два раза в месяц. В 1883 г. было открыто второе викариатство Иркутской епархии – Киренское. Киренский епископ, который являлся настоятелем иркутского Вознесенского монастыря, помогал правящему архиерею в окормлении северной территории епархии. В 1903 г. близ Иркутска по инициативе и на средства иркутского купца Василия Андреевича Литвинцева был основан Князь-Владимирский монастырь. На его территории разместились церковно-учительская семинария на 50 воспитанников и двухклассная образцовая школа на 75 учеников. Указы о веротерпимости начала XX в., прежде всего, манифест от 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начал веротерпимости», разрешавший новообращённым переходить из православия в исповедания, к которым они раньше принадлежали, ослабили позиции православной церкви в Восточной Сибири, поскольку многие крещёные буряты выразили желание перейти в буддизм. Это явление обсуждалось на Иркутском общесибирском миссионерском съезде в 1910 г. На съезде присутствовали 95 миссионеров, в том числе представители православных миссий Японии, Китая, Кореи, в работе съезда приняли участие семь архиереев под председательством Иркутского и Верхоленского архиепископа Тихона (Донебина-Троицкого).