Архиепископ Ювеналий разделил епархию на два благочиннических округа: первый и второй Иркутские. Указом от 1 января 1949 г. он присвоил иркутской Знаменской церкви статус кафедрального собора. При архиепископе Ювеналии ежемесячно выходил «Бюллетень церковной жизни Иркутской епархии». Частыми были его поездки по епархии, активизировалась проповедническая деятельность духовенства. После архиепископа Ювеналия на Иркутскую кафедру взошёл архиепископ Палладий (Шерстенников; 1949–1958 гг.), который стремился увеличить число храмов и обеспечить их образованным духовенством. В 1940–1950 гг. в Иркутской епархии действовал 31 храм. 9 июня 1949 г. архиепископу Палладию было поручено управление Хабаровской епархией (в Амурской области, Хабаровском и Приморском краях и в Якутской АССР действовали 11 приходов; другие дальневосточные регионы: Камчатская, Магаданская и Сахалинская области – до 1985 г. не имели православных приходов). В начале 1950 гг. в Якутской АССР и в Хабаровском крае было по два прихода, в Амурской области – четыре, в Приморском крае – пять приходов. В 1949–1988 гг. Иркутские архиепископы управляли территорией площадью около 4 млн. кв. км с весьма малым количеством и неравномерным распределением храмов (большинство находилось в Иркутской области). В 1955 г. архиепископ Палладий командировал двух священников на Сахалин и Камчатку для организации приходов, но это действие было пресечено Советом по делам РПЦ. По благословению патриарха Алексия I архиепископ Палладий в 1956 г. безрезультатно пытался добиться у гражданской власти разрешения на открытие в Иркутске семинарии. При архиепископе Палладии клир и миряне епархии участвовали в государственных займах для восстановления и развития народного хозяйства. Денежные отчисления из средств причта и из приходских касс постоянно возрастали: в 1949 г. они составили 81 825 руб., в 1950 г. – 118 850 руб., в 1951 г. – 190 625 руб. Иркутский архиепископ Вениамин (Новицкий; 1958–1973 гг.) стремился к независимости епархиального управления от светской власти. Он проводил самостоятельную кадровую политику, подвергал критике государственную атеистическую пропаганду, выступал с инициативой пересмотра навязанной церкви государством в 1961 г. реформы приходского управления. В 1965 г. архиепископ Вениамин подписал переданное патриарху Алексию I «Заявление» группы архиереев, в котором предлагалось пересмотреть решения архиерейского Собора РПЦ 18 июля 1961  г., которые касались приходского управления. В 1970–1971 гг. архиепископ Вениамин обращался с таким предложением в предсоборную комиссию. Уполномоченные Совета по делам РПЦ по Иркутской области неоднократно предлагали своему руководству перевести архиепископа Вениамина в другую епархию. В 1960 гг. в результате нового наступления на церковь в Иркутской и Хабаровской епархиях были ликвидированы следующие приходы: Воскресенский в Верхоленске (1961 г.), Петропавловский в Магдагачах Амурской области (1961 г.), Успенский в Кяхте Бурятской АССР (1962 г.), Георгиевский в Сретенске Читинской области (1963 г.). Раньше, в 1956 г., был закрыт Петропавловский приход в Буре Иркутской области. В Иркутской епархии осталось 26 действующих храмов.