В Вознесенском, Знаменском, Селенгинском и Посольском монастырях были воздвигнуты каменные соборы. При епископе Софронии в Иркутской епархии было сооружено 25 храмов, многие деревянные церкви перестроены в камне. Впервые с миссионерской целью было использовано несколько походных церквей: в пограничной с Китаем полосе, среди якутов и других народностей Севера, появились должности проповедников-миссионеров. В Иркутске при некоторых приходских церквах были организованы богадельни, позднее они начали создаваться и в других частях епархии, к концу XVIII в. действовало около 25 богаделен, в которых жили около 180 человек. В результате секуляризации церковных имений в 1764 г. все монастыри Иркутской епархии были причислены к третьему классу с содержанием 806 руб. 30 коп. и с числом монашествующих не больше 12 человек. Обители могли иметь 30 десятин земли, рыбные ловли и мельницы. В 1760 гг. прекратили существование Братская Спасская и Нижнекамчатская Успенская пустыни. При епископе Софронии епархиальное управление было перенесено из Вознесенского монастыря в Иркутск. Около кафедрального Богоявленского собора построили архиерейский дом. В нём было отведено место для архиерейской школы, возрождённой в 1758 г., в которой Софроний преподавал ряд предметов. Он упорядочил епархиальное и монастырское управление: обновил состав духовной консистории, назначил новых настоятелей монастырей. В 1764 г. совершилось обретение мощей Иннокентия (Кульчицкого): при ремонте Тихвинской церкви в иркутском Вознесенском монастыре было вскрыто его захоронение, и обнаружилось, что тело, одежда и бархат на гробе были нетленными; в монастыре началась запись чудотворений, совершавшихся у гробницы епископа Иннокентия. При Софронии сложились традиции совершения в Иркутске крестного хода на Рождество Христово, перенесения чудотворной Казанской иконы Божьей Матери из кафедрального города в сельские приходы. Преемником Софрония на Иркутской кафедре стал епископ Михаил (Миткевич; 1772–1789 гг.), при котором в епархии было построено 29 храмов. Благодаря усилиям епископа Михаила 23 марта 1780 г. открылась Иркутская духовная семинария. В течение шести лет архиерей посылал просьбы в Синод о создании в Иркутске семинарии, и 3 октября 1779 г. был издан указ о её учреждении и назначении 2 тыс. руб. на её содержание. Вскоре для семинарии было построено каменное здание недалеко от архиерейского дома. Первоначально ректором семинарии был Иркутский епископ. Помимо традиционных предметов в Иркутской духовной семинарии одно время преподавались японский, китайский и монгольский языки. В семинарии обучались дети духовенства со всей Восточной Сибири, наиболее способные ученики направлялись в столичные духовные учебные заведения. Выпускником Иркутской духовной семинарии был Московский митрополит Иннокентий (Вениаминов). В 1799 г. в Иркутской епархии действовали 182 храма и девять монастырей (семь самостоятельных и два приписных). Во время управления епархией епископом Вениамином (Багрянским; 1789–1814 гг.) был канонизирован Иннокентий (Кульчицкий): 1 декабря 1804 г. Синод издал соответствующий указ, 9 февраля 1805 г. в Иркутске прошли торжества перенесения мощей святителя в собор Вознесенского монастыря.