Спецификой Иркутской и Верхоленской епархии (как и других сибирских епархий) является то, что и во второй половине XIX – начале ХХ вв. основным было деревянное строительство. Храмы в это время возводились преимущественно по образцовым проектам в русском стиле. В основном, церкви были пятиглавыми, иногда достигали больших размеров (Ильинская церковь в Макарове, Киренский район, 1901 г., по проекту из синодального альбома 1899 г.). В редких случаях главы располагались по сторонам света, как в церкви Спаса Нерукотворного в Усть-Куте (1869 г., не сохранилась, проект из синодального альбома), отличавшейся стройной композицией, и в церкви Святой Троицы из деревни Дядина (Жигаловский район, между 1914 и 1918 гг., перенесена в Иркутский архитектурно-этнографический музей «Тальцы») с тяжеловесным луковичным куполом. Примером шатрового храма исследователи считают Троицкий в Маркове (Усть-Кутский район, 1898 г.). Алексеевская церковь киренского Троицкого монастыря (1891 г.) – удлинённый двухэтажный храм, окружённый открытой галереей, с небольшим шатром и массивной шатровой колокольней. В конце XIX в. в Иркутской и Верхоленской епархии появились храмы, построенные в «ропетовском» варианте русского стиля и близком к нему «дачном стиле», который использовался также в железнодорожном строительстве. Иркутская лагерная Преображенская церковь (1887 г., не сохранилась) имела высокий крестообразный объём с клинчатыми кровлями рукавов, завершённый шатровой колокольней, и обширную открытую трапезную. Василиевская церковь на станции Половина Восточно-Сибирской железной дороги (1903–1911 гг., перестроена) представляла собой увенчанный шатром восьмерик с четырьмя прирубами, Иннокентиевская (Глазковская) церковь в Иркутске (1913–1915 гг., снесена в 1950 гг.) – одноглавый храм с пирамидальной кровлей и небольшой башенкой в завершении. Наконец, церковь святителей Николая Чудотворца и Иннокентия Иркутского в Слюдянке (1914–1915 гг.) имеет необычно удлинённую трапезную и трёхчастный западный объём, некогда завершавшийся высоким шатром центральной колокольни и двумя невысокими пирамидальными боковыми шатрами. Некоторые элементы модерна обнаруживаются в архитектуре Петропавловской церкви в Михалёве (1910 г., перенесена в Иркутск в 1918 г., разобрана в 1995 г.), близкой по плану к каменным полковым церквам начала ХХ в. Единственным памятником бюджетного варианта неорусского стиля на территории епархии исследователи называют Покровскую церковь в селе Катарбей (Нижнеудинский район, 1909–1911 гг., не сохранилась), построенную по проекту Александра Никаноровича Померанцева для переселенцев. Храм завершался высокой двухскатной кровлей с маленькой главкой, над западной частью возвышалась небольшая звонница с тремя главами по поперечной оси.