Несмотря на позднее происхождение надписи и результаты реставрационных исследований, позволившие выдвинуть гипотезу об исполнении произведения в XIX в., исследователи предполагают, что икона копирует иконографию и стиль утраченного прототипа начала XVII в. О существовании таких прототипов свидетельствуют не только композиционно аналогичные образы патрональных святых других Строгановых (великомученика Никиты и преподобного Максима), но и сохранившийся серебряный оклад иконы Иоанна Воина из Благовещенского собора в Сольвычегодске (Сольвычегодский музей) на иконе XIX в., которая в упрощённом виде повторяет иконографию проданного старообрядцам оригинала. Несоответствие размеров подлинного оклада и иконы из Русского музея, известные в середине XIX в. «строгановские» иконы Иоанна Воина (одна написана Прокопием Чириным; другая письма Назария Истомина (?); обе в собрании Ерофея Афанасьева), а также существовавший в роду Строгановых обычай тиражирования важных для заказчиков сюжетов позволяют исследователям думать, что подобные произведения создавались в большом количестве. Данные об авторстве Прокопия Чирина и о благословении И.М. Строганова, которые приведены в надписи на иконе из Русского музея, по мнению исследователей, восходят к надписи на первоначальном образе. Исследователи полагают, что новая иконография Иоанна Воина была разработана Прокопием Чириным в первые годы жизни И.М. Строганова, вскоре после того как для Николая Григорьевича Строганова был написан образ великомученика Никиты (1593 г., Третьяковская галерея) – самый ранний памятник из группы миниатюрных «строгановских» икон этого святого, полностью идентичных иконам Иоанна Воина. При этом единоличные иконы Иоанна Воина были распространены меньше и вряд ли отличались разнообразием: в настоящее время у исследователей нет сведений ни о фронтальных, ни о житийных иконах святого, хотя известны такие иконы великомученика Никиты и преподобного Максима. Для исследователей очевидно, что единоличные образы молящегося Иоанна Воина отличались друг от друга второстепенными деталями. На иконе из Русского музея святой предстоит Богоматери на престоле, окружённой ангелами (ср. иконы великомученика Никиты письма Прокопия Чирина из собрания Ильи Семёновича Остроухова, Третьяковская галерея, из Смоленского музея изобразительных искусств и икону Максима Исповедника строгановских писем в старообрядческом Покровском соборе на Рогожском кладбище в Москве), в поднятой правой руке он держит крест, в опущенной левой – меч (на авторском рисунке было изображено копьё с вымпелом). Исследователи полагают, что писали изображения Иоанна Воина с оружием (мечом, колчаном и щитом), лежащим у ног, подобные иконам великомученика Никиты письма Прокопия Чирина: к этому варианту относится икона второй половины XIX в. из собрания Николая Михайловича Постникова (Исторический музей), в которой исследователи видят повторение утраченной древней иконы (исследователи полагают также, что иконописец ориентировался на иконы великомученика Никиты). Кроме единоличных икон Иоанна Воина по заказу Строгановых создавались многофигурные композиции, включавшие образ святого.