Скорее всего, Богдан Салтанов, как полагают исследователи, в целом повторил композицию старого знамени, на что указывает не только обычай воссоздания обветшавших знамен, но и более поздний памятник, в котором сохранена редчайшая конная иконография святого, – знамя 1698 г., которое в XIX в. находилось в московской Оружейной палате: Иоанн Воин представлен с обнажённым мечом в правой руке, на кайме помещён текст кондака святому. Знамёна с изображением Иоанна Воина были лишь частью обширной программы, включавшей аналогичные образы многих мучеников и св. князей, в том числе не пользовавшихся широким почитанием (например, св. Севастиана). Почитание Иоанна Воина в этот период было также маловыраженным. В описи Образной палаты царя Алексея Михайловича упомянуто лишь одно изображение Иоанна Воина вместе с фигурой «Василия иже в Персиде» в молении Спасителю, вырезанное на металлическом обороте резной по кости иконы праздников. В 1695 г. в Москве были напечатаны Служба святому и его Житие, составленные Карионом Истоминым. На выходной гравюре Василия Андреева Иоанн Воин, облачённый в доспехи и плащ, представлен в молении Христу; у его ног – шлем, копьё, меч и щит. Образ молящегося воина, положившего на землю оружие, находит аналоги в искусстве XVII в. (ср. «строгановские» иконы св. воинов и их поздние повторения), но на гравюре Василия Андреева к этой схеме добавлены мотивы западного происхождения (венок, который Христос протягивает Иоанну Воину, молитвенно сложенные руки святого, шлем античного типа), а также тексты, подчёркивающие роль Иоанна Воина как заступника: из уст мученика исходят слова: «Иисусе Боже, спаси люди Твоя», рядом помещён свиток с виршами, прославляющими воина Христова, который творил добро на земле, а ныне на небесах молит Господа о помощи всем людям. Как отмечает Алексей Алексеевич Сидоров, гравюра Василия Андреева, известная в единственном экземпляре издания «Службы и жития Иоанна Воина» из библиотеки Троице-Сергиевой лавры (Российская государственная библиотека), лишь отчасти повлияла на иконографию мученика и не копировалась буквально (в переизданиях XVIII в. изображения святого отсутствовали). Активизация почитания Иоанна Воина заметна по памятникам 1680 – начала 1690 гг. Его образ с воинскими атрибутами занимает важное место в ряде монументальных ансамблей, созданных костромскими иконописцами во главе с Гурием Никитиным: в росписях церкви пророка Илии в Ярославле, первая половина 1680 гг. (на восточной грани северо-западного столба основного храма и на северной стене придела святых Гурия, Самона и Авива), Троицкого собора Ипатиевского монастыря в Костроме, 1684 г. (на западной грани юго-западного столба), Спасо-Преображенского собора Спасо-Евфимиева монастыря в Суздале, 1689 г. (на восточной грани юго-западного столба, вместе с мучеником Прокопием, под записью 1867 г.). Иоанн Воин представлен в росписях Воскресенского (1670 гг.?) и Иоанно-Богословского (1683 г.) храмов Ростовского архиерейского дома (изображён на откосе окна и в медальоне, в молитвенной позе; в первом случае – как мученик, вместе со святыми Миной, Флором и Лавром, во втором – вместе со св. воинами), а также, по мнению исследователей, в росписи Успенского собора Троице-Сергиевой лавры (1684 г.; в одном из окон южной стены вместе с мучениками Нестором, Вонифатием и Меркурием).