Имя святого включено под 5 ноября в «Палинодию» архимандрита Захарии (Копыстенского) 1621–1622 гг. («Русская историческая библиотека», том 3), в святцы Коряжемского монастыря 1621 г. (Исторический музей), в Месяцеслов келаря Троице-Сергиева монастыря Симона Азарьина (Российская государственная библиотека, 1650 гг.), в «Алфавит русских святых» старообрядческого монаха Ионы Керженского (Ярославский музей-заповедник, 1807–1811 гг.). Имя Ионы вошло в Собор Новгородских святых, празднование которому было возобновлено 10 июля 1981 г. (Собор учреждён около 1831 г.). В начале 1920 гг. Ионо-Отенский монастырь был закрыт. Этому предшествовало прошение местных жителей от 4 декабря 1918 г. о сохранении обители, в котором упоминался Иона: «Мы, нижеподписавшиеся граждане сельских местностей села Руссы Подборецкой волости Новгородской губернии... заявляем, что как верные сыны и дщери православной Церкви долголетнее время являлись поклонниками Отенской обители, видели и привыкли к её монастырскому богослужению, и благолепию монастырских храмов, и посещению крестных ходов с чудотворною иконою Тихвинской Божьей Матери и святителем-угодником Ионою Отенским и преподобным Онуфрием Великим, а посему желаем искренне, чтобы Отенский монастырь и впредь существовал и никаким принудительным мерам не подвергался... Храмы, имущество монастыря и братию мы берём под свою защиту и охрану». В 1930 г. был упразднён приход, действовавший после закрытия монастыря при Ионинском соборе, в 1934 г. власти закрыли бывшую монастырскую Никольскую церковь, все постройки монастыря перешли колхозу «Переселенец». Бывшие монастырские здания были уничтожены во время Великой Отечественной войны. В настоящее время место, где под спудом покоятся мощи Ионы, отмечено деревянным крестом, крест стоит также над срубом колодца, по преданию выкопанного святителем. В Ильинскую пятницу местные жители совершают паломничество к святыням. Иона был заказчиком почти половины церквей, построенных в 1458–1470 гг. в Новгородской земле. Летописи сообщают о возведении 21 храма, из которых архиепископ был заказчиком 12; из восьми, датированных на других основаниях, к его заказу с разной долей вероятности исследователи относят ряд построек в Вяжищском, Полистском (церковь Николая Чудотворца) и Гостинопольском (церковь Николая Чудотворца) монастырях. На территории владычного двора, резиденции Новгородских владык, сразу после хиротонии Иона построил церковь Сергия Радонежского (1459 г.), позже – церковь Богоявления (1466 г.); согласно археологическим данным, при Ионе там продолжалось строительство каменных гражданских сооружений. В кремле Иона возвёл церкви равноапостольному великого князя Владимира (1461 г.), великомученицы Анастасии (1463 г.) и Положения пояса Пресвятой Богородицы (1464 г.), отремонтировал церкви св. Исповедников (1459 г.) и святых Бориса и Глеба (1462 г.; надстройка барабана была осуществлена по случаю чуда слезоточения иконы Божьей Матери). Исследователи полагают, что по заказу Ионы была перестроена соборная церковь апостола Иакова, брата Господня (1459 г.). При нём также были возведены храмы и, по мнению исследователей, жилые постройки в пригородных монастырях.