В Строгановском иконописном лицевом подлиннике первой четверти XVII в. есть ростовое изображение Ионы с подписью: «Стыи Иона архепскъ Новгородъский, сед». Наиболее ранним сохранившимся изображением Ионы, исследователи считают его ктиторский портрет на фресках церкви праведного Симеона Богоприимца в Зверине монастыре Новгорода (между 1467 и 1472 гг., заново написан в XVII в.). Фигура в рост расположена на южной стене в подкупольном пространстве, справа от окна (надпись вязью: “Аги иона архиепископ новгородский”), слева над окном в облачном сегменте помещена полуфигура Христа, благословляющего святителя. Иона облачён в крещатую белую фелонь, в омофор с золотыми крестами, в крещатый зелёный подризник, в шитые золотом епитрахиль и поручи, на голове клобук с золотыми воскрилиями. Борода недлинная, округлая. В руке Ионы – модель одноглавого храма со скатным перекрытием (на иконе над входом – фигура со свитком), по мнению исследователей, церковь Иоанна Крестителя в Отенском монастыре. О формировании почитания Ионы свидетельствует происходящее из Отенского монастыря произведение лицевого шитья (четвёртая четверть XV в., Новгородский музей-заповедник), сохраняющее портретные черты святителя. По мнению Е.В. Игнашиной, это – шитая икона, Александр Сергеевич Преображенский считает его традиционным надгробным покровом, принадлежащим к особой, новгородско-псковской, традиции. Вертикальный формат и размер (175,5х70 см) соответствуют типу надгробного покрова. Своеобразна иконография: Иона стоит вполоборота влево, руки подняты в молении на уровне груди, обращается к Спасителю, благословляющему с облаков. Облачение святителя традиционно: клобук, крещатая фелонь и подризник, орнаментированный крестами в кругах. Необычно изображение омофора, спускающегося с правого плеча, и палицы на левом боку, что, по мнению исследователей, связано с погрешностями при знаменовании изображения. Технологические и стилистические особенности шитья свидетельствуют об исполнении его, по мнению исследователей, в новгородской архиепископской мастерской в традициях лицевого шитья, выработанных во времена Евфимия II Вяжицкого. К концу XVI в. в иконографии Ионы возникают различные варианты. по мнению исследователей, с канонизацией, состоявшейся в 1549 г., связано появление поясных изображений святителя, как, например, на иконе северных писем (по мнению исследователей, соловецкой мастерской) из церкви апостолов Петра и Павла села Вирма Беломорского района Карелии (конец XVI в., Музей изобразительных искусств Республики Карелия). Иконы подобного, пядничного, размера могли служить образами «в раздачу». Иона в крещатой белой ризе, в белом клобуке с узорчатыми воскрилиями, правая рука благословляет, в левой – Евангелие с красным обрезом; личное письмо очень тёмное, почти санкирное, с использованием вохрения коричневого тона; борода средней длины. По мнению исследователей, этот тип иконографии стал принятым после канонизации Ионы. Его фигура включается в композиции моления святых, прежде всего, Новгородских: в нижнем ряду двухрядной иконы «Огненное восхождение пророка Илии» вместе с поясными прямоличными фигурами святителей Никиты, Иоанна представлены фигуры Ионы (с подписью: «Оа(гиос) Иона архиепис(ко)пъ») и преподобного Михаила Малеина (конец XVI – начало XVII вв., Государственный Эрмитаж).