Створки киота имели оклад и сканые венцы. В трапезной церкви во имя Варлаама Хутынского в иконостасе помимо пяти местных икон находилась пядница с образами «Ионы архиепископа с Александром, Сверским чудотворцем, во облаце Спас, писаны на празелени», большая икона в деревянном киоте располагалась на столпе: «…Ионы архиепископа да Василия Блаженного, во облаце Спас, писан на красках, в киоте, киот деревяной». В библиотеке монастыря, находившейся в церкви Всемилостивого Спаса, хранилась книга «в тетрадех, в полдесть, писменая, Житие Ионы, архиепископа Новгородского, в красной коже». На пелене из Хутынского монастыря, шитой в мастерской Строгановых, Иона представлен прямолично в рост среди избранных Новгородских святых (середина XVII в., Новгородский музей-заповедник): Иона стоит в центре, плечом к плечу с Евфимием II, в одинаковых с ним клобуке и ризах, с Евангелием в руке. Среди Новгородских святых, стоящих в молении рядом с шитым изображением новгородского Детинца, Иона находится на так называемом омофоре патриарха Никона (середина XVII в., Новгородский музей-заповедник). Особый круг памятников, включающих изображение Ионы, связан с почитанием его современника Зосимы Соловецкого. Например, образ Ионы трижды встречается в раннем развёрнутом житийном цикле из 55 клейм на иконе преподобных Зосимы и Савватия, происходящей из Преображенского собора Соловецкого монастыря (около 1549 г., Исторический музей). В клейме 26 на фоне пятинефного пятиглавого каменного собора (по мнению исследователей, собора Святой Софии в Новгороде) восседающий справа на троне Иона благословляет склонившегося к нему преподобного Зосиму. К ногам Ионы припадают монахи, он одет в клобук, подризник и тёмную фелонь, в руке посох. В клейме 27 Иона в митре и крещатой фелони поставляет преподобного Зосиму в игумены. Клеймо 32: Зосима просит у Ионы грамоту на владение Соловецким островом. Иконографию клейм этой иконы повторяют клейма на боковой стороне резной раки Зосимы, созданной новгородскими резчиками в 1566 г. по заказу игумена Филиппа (ХVI в., Третьяковская галерея). На многих житийных иконах преподобных Зосимы и Савватия показано лишь возвращение Зосимы из Новгорода после встречи с Ионой (например, на иконе 1545 г. «Преподобные Зосима и Савватий Соловецкие с братией монастыря в молении Богоматери, с клеймами жития преподобных», музеи Московского Кремля). По мнению исследователей, образ Ионы присутствует только в памятниках, создание которых связано с Великим Новгородом. Более подробно история связей Ионы и Зосимы отражена на миниатюрах Жития преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. Так, в рукописи конца XVI – начала XVII в. из библиотеки Ивана Александровича Вахромеева изображение Ионы встречается несколько раз. Три миниатюры практически одинаковы по композиции: в левой части показан берег, к которому направляются лодки с монахами, в правой – в стенах Новгородского кремля Иона принимает посольство. С этими миниатюрами сходна композиция, где акцент перенесён с прибытия соловецких монахов (показана лишь лодка на берегу) на встречу с Ионой, более узнаваемо представлены собор Святой Софии и интерьер палаты, где происходит беседа.