На другом листе Иона представлен дважды: слева – беседующим с Зосимой, справа – в интерьере собора Святой Софии в парадном облачении поставляющим Зосиму в священники и игумены. На листе слева Иона представляет нового игумена соловецкой братии, справа новгородские бояре одаривают монахов. Образ Ионы включён в состав различных композиций, в XVIII–XIX вв. представляющих «соборное моление» Новгородских святых: на иконе письма священника Григория Алексеева (1728 г., Третьяковская галерея); на иконе «образ святителей Новгородских Нифонта, Евфимия, Моисея и Ионы, вверху образ Знамения Пресвятыя Богородицы, образ писан краски», известной из описи Софийского собора 1833 г. как икона на втором столбе собора с правой стороны; наряду с Новгородскими святителями Моисеем, Иоанном и Евфимием, праведным Иаковом Боровичским – на иконе конца XIX в. с врезным крестом-мощевиком начала XVIII в. (частное собрание). Сохранились прориси с иконы XVII в. (ныне в Русском музее), на которой представлены три Новгородских святителя: Евфимий в клобуке, Нифонт в митре и, вероятно, Иона с непокрытой головой; с иконы «Собор Новгородских чудотворцев» XVIII в., где Иона представлен с левого края первого ряда святителей, он в клобуке и ризах. В составе Соборов русских святых Иона изображён на поморской иконе конца XVIII – начала XIX вв. (Музей изобразительных искусств Республики Карелия); на северодвинской иконе XIX в. и на иконе письма мастера-старообрядца П. Тимофеева 1814 г. (Русский музей); на иконе первой половины XIX в. из деревни Чаженьга Каргопольского района Архангельской области (Третьяковская галерея). Поясной образ Ионы расположен в верхнем ряду слева: борода святителя имеет округлую форму, он облачён в клобук, фелонь, правая рука в молении, в левой закрытое Евангелие. На иконе начала XIX в. из Черновицкой области (Киево-Печерский музей-заповедник) Иона – в шестом ряду в левой части, в архиерейской мантии, омофоре и белом клобуке. На иконе середины – второй половины XIX в. (Третьяковская галерея) он показан во втором ряду, в клобуке, с Евангелием в руках. В иконописи XX в. Иона представлен среди Новгородских святых на иконе «Все святые, в земле Русской просиявшие», созданной в 1934 г. монахиней Иулианией (Соколовой) для Афанасия (Сахарова), а также на её повторениях 1950 гг. XX в. (ризница Троице-Сергиевой лавры). Ростовое изображение Ионы (в куколе, с книгой в руках) помещено под 5 ноября на рисунке монахини Иулиании в лицевых святцах русских святых (после 1959 г., частное собрание). Существует прорись с поясным изображением Ионы того же автора. Образ Ионы включён в состав Собора Новгородских святых, например, на иконе 1960 гг. из местного ряда нижнего иконостаса церкви апостола Филиппа в Великом Новгороде, на списке иконы конца XX – начала XXI вв. из новгородского Софийского собора. В современных подлинниках предлагается изображать Иону по образцу фрески из церкви Симеона Богоприимца в Зверине монастыре: Иона обращён влево, к благословляющему Христу; в руке модель храма; на нём крещатые ризы, фелонь, подризник, омофор, клобук; борода средняя, округлая, подпись: «стль».