Новгородское влияние проявилось в выборе для письма землистых красок, охры, сажи. Иона с недлинной бородой, в белой крещатой ризе, в белом клобуке, в омофоре с крестами, правой рукой благословляет, в левой покровенной руке держит Евангелие. Исследователям известна прорись с иконы XVI в. с тремя фигурами святых в рост: преподобных Василия Нового, Евфросина Псковского и Ионы, который облачён в святительские ризы и клобук, с палицей на боку, держит Евангелие в одной руке, другая поднята в благословляющем жесте (Библиотека Академии Наук). Нередко Иона в паре с Евфимием II изображался на подносных иконах, подобных пяднице, происходящей, по мнению исследователей, из Соловецкого монастыря, но написанной по заказу Новгородского архиерейского дома, в басменном окладе (ныне в пядничном ряду церкви Ризположения в Московском Кремле, конец XVI – начало XVII вв., музеи Московского Кремля). В её среднике – Богоматерь с Младенцем на престоле со святителями Никитой и Иоанном Новгородскими, а на боковых полях – святители Иона и Евфимий. Ростовое изображение Ионы и Евфимия II представлено на правой створке складня московской работы (конец XVI – начало XVII вв., собрание Олофа Ашберга, Национальный музей, Стокгольм. Иона в молении обращён влево, к несохранившемуся центру триптиха; на нём белый клобук и крещатые ризы, красный подризник. Со второй половины XVI в. образ Ионы включается в состав минейных икон. Так, на Минее на ноябрь из часовни в честь Рождества Христова на острове Малая Муксалма Соловецкого архипелага (вторая половина XVI в., Соловецкий музей-заповедник) Иона изображён в верхнем ряду рядом с мучеником Галактионом, в рост, благословляющим отведённой в сторону правой рукой, в левой, покрытой омофором, держит Евангелие. На нём белые клобук и омофор, зелёная с золотым шитьём риза, испод которой багровый, зелёный подризник, шитые золотом епитрахиль и палица на правом боку. Изводы, созданные мастерами-иконниками, работавшими для Новгородских владык середины XVI в., использовались в других произведениях для софийской казны. На серебряной святительской панагии, происходящей из новгородского Юрьева монастыря (в начале XIX в. служила привесом к иконе Богоматери с Младенцем в Георгиевском соборе по левую сторону царских врат), гравирована композиция, в которой в молении Богоматери на престоле преклоняются, припадая на колени, святители Никита и Иона Новгородские (вторая половина XVI в., Новгородский музей-заповедник); Иона облачён в клобук и крещатую фелонь. Дробницы с резным изображением Ионы второй половины XVI – XVII в. сохранились на подвесных пеленах к местным иконам Благовещенского собора Московского Кремля, иногда в рост (подписи: «Архиепископ Иона», «Агио(с) Иона Новгородский»). Сохранившиеся описи новгородских монастырей свидетельствуют, что со временем получили распространение иконы, где Иона изображался с другими местными святыми. В Спасо-Преображенском соборе Хутынского монастыря, согласно описи 1642 г., почитаемая икона Богоматери Одигитрии в правой части иконостаса (одна из нескольких пядниц в дорогих окладах, с прикладами и пеленами; располагалась сразу после местного образа Варлаама Хутынского, с житием, на золоте) была помещена в киот, на правой створке которого были изображены архангел Гавриил, Иона и «Варлам Футынский».