По свидетельству Жития Ионы, и на второй год после кончины тело святителя оставалось нетленным. Его почитание было связано, в первую очередь, с Отенским монастырём. В церкви Иоанна Предтечи «присно людем поющим ту и у гроба его стоящим... и многа исцелениа бываху от телеси святаго отца». В Похвальном слове Ионе, написанном Зиновием Отенским, содержится рассказ о чудесах, совершившихся по молитвам к нему до 1571 г. При митрополите Московском и всея Руси Кирилле (1568–1572 гг.) храм в Отенской пустыни сгорел, но мощи Ионы чудесным образом были сохранены. О случившемся игумен обители сообщил Новгородскому архиепископу Пимену (Чёрному; ум. в 1571 г.), который приказал возобновить пострадавшую от пожара церковь. Мощи Ионы были положены в том месте, которое определил святитель при жизни. Когда архиепископ Пимен, прибывший в Отенский монастырь для освящения возобновлённого храма, открыл св. мощи, все ощутили благоухание. В 1600 г. монастырь вновь сгорел, мощи Ионы не пострадали. В 1800 г. большинство построек Отенской обители было разобрано, и на месте Трёхсвятительского и Иоанно-Предтеченского храмов был возведён грандиозный одноглавый собор с тремя престолами, из которых северный был посвящён Ионе (престолы собора освящены в 1808–1809 гг.). В 1803 г. в соборе, в арке между Трёхсвятительской и Ионинской церквами, над захоронением Ионы была устроена бронзовая позолоченная рака с сенью. В середине XIX в. за версту от Отенского монастыря стояла часовня с неглубоким колодцем внутри, по преданию выкопанным Ионой. В монастыре память святителя праздновалась 5 ноября и в пятницу перед днём памяти пророка Илии (Ильинская пятница). В Ильинскую пятницу к Отенскому монастырю шли крестные ходы из Новгорода и из ближайших деревень, из монастыря шествие направлялось в часовню, где совершался водосвятный молебен. В обители хранился почитаемый образ Ионы – покров с его раки, украденный шведами при разорении Отенского монастыря в 1614 г., впоследствии выкупленный ладожским купцом Шаровым и доставленный в монастырь. Иона был канонизирован к общерусскому почитанию на Соборе 1549 г. По мнению Феодосия Георгиевича Спасского, служба святому составлена Зиновием Отенским в середине XVI в., вскоре после канонизации (имя Зиновия читается в акростихе в седьмой песни канона). В грамоте 1563 г. царя Ивана IV Васильевича по случаю взятия Полоцка Иона упоминается среди святителей-чудотворцев. В Чиновнике новгородского Софийского собора XVII в. отмечено, что 5 ноября «в соборе у Софеи вечерню, и утреню, и литоргию поют Ионе архиепископу, празднуют с литиею по уставу, а святитель ездит в санех празновать к вечерни, и ко всенощному, и к обедни к Ионе архиепископу на Опоки... После вечерни поют молебен, а на молебне канон Ионе архиепископу, а вечерню, и всенощное, и заутреню, и литоргию поют певцы, новгородцкой весь обиход». В Уставе московского Успенского собора (около 1634 г.) под 5 ноября записано: «...Трезвон в лебедь, а поют по уставу с полиелеосом» («Русская историческая библиотека», том 3). В «Описании о российских святых» по рукописи Павла Ивановича Савваитова сообщалось: «...Чюдотворные мощи Ионы, архиепископа Новгородцкаго, наверх земли в раце древяне. Поют ему службу с полиелеосом».