Храмы, возведённые в 1458–1470 гг., исследователи условно делят на две группы: церкви «на старой основе», в той или иной степени повторяющие планировочное и объёмно-пространственное решение храма-предшественника, и «новые» храмы, архитектурная композиция которых уже целиком связана с развитием новгородского зодчества XV в. При этом перестроенные церкви имеют многие черты, свойственные «новым» храмам, прежде всего, декор, характерный для памятников XV в. Таким образом, в последний период развития новгородской архитектуры наблюдается некоторое смешение, переплетение двух основных стилистических линий, характерных ещё для архитектуры 1440–1450 гг.: при сохранении общей типологии, свойственной храму-предшественнику, «храмы на старой основе» обретают черты «новой» архитектуры. Все новгородские храмы 1460 гг. двухэтажные. Подцерковье, отделённое от верхнего, храмового этажа деревянным накатником, использовалось под хозяйственные нужды. Верхний и нижний этажи имели отдельные входы, но соединительные лестницы сохранились только в храмах «на старой основе». Архитектурная типология представлена разнообразными вариантами. Надвратные и придельные храмы, безусловно, были бесстолпными (церкви преподобного Сергия и святых Гурия, Самона и Авива), основная часть других построек – небольшие четырёхстолпные одноглавые одноапсидные храмы (церковь праведного Симеона Богоприимца). Храмы «на старой основе» тоже четырёхстолпные, но гораздо большие по размеру (церкви великомученика Димитрия и Воскресения на Мячине, выстроенные по заказу уличан). Фасады четырёхстолпных храмов разделяются на три прясла лопатками. В 1460 гг. встречаются разнообразные типы покрытий фасадов: 1) трёхлопастное (церковь праведного Лазаря); 2) позакомарное (церковь Воскресения на Мячине); 3) 16-скатное с повышенным центральным фронтоном и пониженными боковыми (церкви великомученика Димитрия и праведного Симеона Богоприимца); 4) 8-скатное, пофронтонное (церковь Сергия Радонежского, как полагают исследователи, церковь Антония Великого в Вяжищах и церковь святых Гурия, Самона и Авива). Зодчие Ионы впервые в новгородской архитектуре вместо сводов применяют для перекрытия основного объёма храма деревянные конструкции (церковь св. Иоанна Предтечи Отенского монастыря). В 1460 гг. изменяется тип кирпичей, появляются постройки, возведённые только из кирпича (церкви Сергия Радонежского и праведного Симеона Богоприимца). Некоторые особенности храмов, возведённых по заказу Ионы (например, завершение церкви Сергия Радонежского – крутые (50°) щипцы, образующие 8-скатное покрытие), могут быть связаны с влиянием архитектуры Северной Европы. Если в XIV – начале XV вв. основными элементами, образующими декоративное целое фасадов новгородских храмов, были закладные и кирпичные кресты, розетки, короткие отрезки декоративной кладки, а также сочетание окон различной формы (со стрельчатым завершением, с горизонтальной перемычкой), то в середине – второй половине XV в. происходит смена ориентиров. Почти все окна одинакового типа, их расположение более-менее стандартно, фасады украшают ряды декора, при этом чередуются три основных мотива: бегунец, поребрик и зубчики.