В прощальной речи в храме Христа Спасителя 8 декабря 1891 г. он сказал об этом прямо: «…Совершенно неожиданно было для меня таковое назначение. Достигши, по милости Божией, таких лет, когда естественно помышлять не о перемещениях на земле…, а о переходе в другую жизнь, я думал сложить кости свои среди паствы московской… Не мне, не теперь, не с сего священного места судить, каково было сие служение». В Киеве Иоанникий продолжил свою деятельность по созданию благотворительных обществ и поддержанию духовно-учебных учреждений. По традиции серьёзное внимание уделил свечному заводу, доходы которого за время его управления епархией выросли почти десятикратно. По его инициативе были созданы епархиальные общества взаимопомощи и общества по образованию пожарного капитала. Продолжая миссионерскую деятельность, борясь с распространившимся в Киевской епархии штундизмом, в 1896 г. Иоанникий основал противосектантский журнал «Миссионерское обозрение». В 1899 г., во время празднования 50-летия своего священнослужения, пожертвовал 50 тыс. руб. на устройство епархиальной богадельни для престарелых церковно- и священнослужителей, их вдов и сирот. Однако не все его начинания воспринимались в обществе положительно. Так, большое возмущение в среде киевской интеллигенции вызвали санкционированные митрополитом разрушение в Киево-Печерской лавре трапезной палаты конца XVII в. (на её месте в 1894 г. была выстроена новая трапезная в византийском стиле) и уничтожение живописи XVIII в. в интерьере Великой лаврской церкви. Но в целом в церковных делах авторитет Иоанникия был непререкаем. 12 мая 1895 г. он был награждён орденом апостола Андрея Первозванного. 9 сентября 1896 г. в сослужении шести епископов в Чернигове прошло торжество по поводу открытия мощей Феодосия (Углицкого). 25 декабря 1898 г., после кончины Санкт-Петербургского митрополита Палладия (Раева), Иоанникий стал первенствующим членом Синода. Впервые это место занял не Санкт-Петербургский митрополит. При этом у Иоанникия складывались достаточно непростые отношения с обер-прокурором. Так, известны случаи, когда, уже будучи первенствующим членом Синода, Иоанникий был вынужден из-за несогласия с политикой К.П. Победоносцева прерывать заседание и покидать собрание. В конце 1899 г. широко отмечался 50-летний юбилей церковного служения святителя. 7 ноября император Николай II пожаловал ему бриллиантовые знаки к ордену апостола Андрея Первозванного. 4 декабря Иоанникий был избран почётным членом Императорской Академии Наук.