Ранняя тоновая литография середины 1870 гг. (Российская государственная библиотека) выполнена в мастерской Серафимо-Дивеевского монастыря в бытность Иоанникия епископом Нижегородским. Он представлен фронтально, почти поколенно, в архиерейской мантии и чёрном клобуке, с наперсным и наградным крестами, с панагией и наградами, с благословляющей десницей и высоким жезлом в левой руке (на сулоке – образ Иоанникия Великого), с широкой тёмной бородой; внизу – факсимиле автографа. Литография И.И. Кланга создана сразу после назначения Иоанникия на Московскую кафедру (1882 г., Российская государственная библиотека; происходит из Румянцевского музея): погрудное изображение архиерея в повороте влево, в тёмной рясе и белом клобуке, на груди панагия, крест и орденский знак со звездой. Сохранилось довольно много живописных портретов Иоанникия в сане митрополита. В коллекции Киево-Печерского музея-заповедника преобладают произведения, созданные во время пребывания Иоанникия на Киевской кафедре. Есть два поясных, близких по иконографии портрета, где Иоанникий представлен митрополитом Московским: один написан П. Шальцовым в 1883 г., другой – И. Волковым в 1886 г. Иерарх изображён сидящим, в тёмной рясе и белом клобуке, фигура немного развёрнута вправо, левая рука лежит на небольшом столике, правая – на коленях; на груди Иоанникия панагия с образом Божьей Матери «Знамение», многочисленные награды, в том числе орден князя Александра Невского. На портрете П. Шальцова в отличие от других изображений Иоанникий показан довольно молодым, с чёрной бородой без проседи. На портретах Иоанникия в период киевского служения, выполненных, в основном, в иконописной мастерской Киево-Печерской лавры, митрополит представлен в более преклонном возрасте, с сильной проседью в пышной широкой бороде, с орденом апостола Андрея Первозванного, с чётками в руке. Поясной фронтальный портрет сидящего Иоанникия с положенными на колени руками повторяет его фотографию 1890 гг. (Киево-Печерский музей-заповедник). На последнем из известных живописных портретов он написан старцем с аскетичным лицом и седой бородой, на груди – панагия с Печерской иконой Божьей Матери и видом Успенского собора лавры (подобное изображение было помещено в книге: 50-летний юбилей священнослужения его преосвященства Иоанникия... митрополита Киевского и Галицкого, 1849–1899 гг. Киев, 1900 г.). Известна гравюра 1894 г. (издание П. П. Протасова в Санкт-Петербурге, экземпляры в Историческом музее, Церковно-археологическом кабинете Московской духовной академии), на которой Иоанникий изображён по пояс, вполоборота вправо (рук не видно), в мантии и белом клобуке, с орденами и орденскими звездами. Кроме того, Иоанникий в богослужебном облачении показан на некоторых картинах и эстампах с изображением коронации императора Александра III (1888 г., Ж. Беккер, Государственный Эрмитаж), императора Николая II (1896 г., Клавдий Васильевич Лебедев).