Также основал Кирилло-Мефодиевское братство для поддержки и создания церковно-приходских школ Московской епархии, открыл Мариинское женское епархиальное училище; расширил и переоборудовал свечной завод, на доходы от которого устроил общежития при двух семинариях и нескольких училищах; учредил общество взаимопомощи духовенства. Оказывал покровительство и деятельную помощь братству Филарета Московского, учреждённому в Коломне с целью «каждогоднего вспомоществования недостаточных учеников духовного училища», 17 марта 1886 г. утвердил устав братства. Иоанникий принял участие в реформе духовных академий и во введении академического Устава 1884 г., согласно которому архиереи приобретали больший контроль над высшими духовно-учебными заведениями. Много позже, в 1896 г., возглавляя комиссию, призванную составить план частичной реформы духовного образования, для введения ещё более жёсткой редакции устава он заявлял: «Цель духовно-учебных заведений есть подготовление достойных кандидатов для непосредственного служения Святой Церкви в звании пастыря стада Христова, учителя народа в духе православия, воспитателя и наставника в средних и низших духовно-учебных заведениях. Следовательно, эти заведения по своей цели не образовательные, а специальные». В первой половине 1880 гг. Иоанникий получил несколько высоких светских наград. 7 ноября 1882 г. князем Черногорским Николаем награждён орденом князя Даниила первой степени, 15 мая 1883 г., в день коронации императора Александра III, – бриллиантовыми украшениями к ордену св. Александра Невского, 31 октября 1885 г. – орденом св. Владимира первой степени. Однако после приезда весной 1891 г. в Москву нового генерал-губернатора, великого князя Сергея Александровича, положение Иоанникия пошатнулось: митрополит не смог сотрудничать с великим князем. 17 ноября того же года Иоанникий был назначен на Киевскую кафедру, вакантную после кончины митрополита Платона (Городецкого). За месяц до нового назначения, 15 октября, обер-прокурор Синода Константин Петрович Победоносцев писал императору Александру III: «Московский митрополит Иоанникий, человек безупречный в нравственном отношении, по характеру своему не пришёлся по Москве. Он сух и необщителен, а Москва имеет свои особенности: там любят ласковое обращение и приветливость. Его не полюбили в Москве, и, кажется, сам он это чувствует. В Киеве положение его было бы удобнее и свойственнее его природе». Перевод в Киев Иоанникий воспринял достаточно болезненно.