Тогда же вышел «Юбилейный сборник», который включал большинство проповедей и религиозно-нравственных рассуждений митрополита. В предисловии к сборнику Иоанникия называли «образцовым церковным оратором киевской школы». Наиболее душевные отношения сложились у Иоанникия наместником Киево-Печерской лавры Сергием (Ланиным). Во время его наречения в 1896 г. епископом Уманским и вручения жезла Иоанникий произнёс наставления, которые ярко характеризуют самого митрополита: «Благоразумный отец при воспитании детей своих употребляет и меры строгости, растворяемой любовью, и меры кротости, не дающие детям повода выходить из повиновения ему, и свои прихоти поставлять в уровень с его властью. Так должен действовать и истинный пастырь пасомых. Излишняя снисходительность, а правильнее сказать слабость, ложно называемая любовью, ведёт к распущенности и своеволию; непомерная строгость, видящая и в маловажных ошибках великие преступления, вооружает паству против своего пастыря. Вернейшее средство избегнуть той и другой крайности – всеми силами души позаботиться при содействии благодати Божией воспитать в себе такое расположение к пасомым, какое выражает св. Апостол словами: кто изнемогает, с кем бы я не изнемогал? Такое настроение души без особой проницательности, доступной не всякому, научит, как в действиях своих сочетать милость и истину, правду и мир». В 1900 г., возвратившись из Санкт-Петербурга ранней весной, Иоанникий выглядел бодрым, «в совершенном здравии» переехал «на летнее местожительство» в Голосеевский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь, но 31 мая 1900 г., после отдыха на открытой террасе, престарелый архиерей простудился. Посетивший его врач Янченко констатировал пневмонию. Несмотря на принятые меры, болезнь усиливалась и вскоре осложнилась воспалением дыхательных путей. В ночь на 4 июня святитель причастился Святых Таин из рук духовника иеромонаха Алексия. Вызванный епископ Уманский Сергий (Ланин) совершил над умирающим таинство елеосвящения. Архимандриты и иеромонахи перенесли тело почившего из Голосеевской пустыни в Киево-Печерскую лавру. Прибывший в Киев митрополит Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский) был специально назначен Синодом для погребения почившего иерарха. 11 июня Иоанникий был похоронен в Крестовоздвиженской церкви в Ближних пещерах Печерской лавры, рядом с Киевскими святителями Филаретом (Амфитеатровым) и Филофеем (Успенским). По благословению патриарха Пимена (Извекова) 3 июня 1987 г. имя Иоанникия было внесено в Собор Тульских святых. Составлены тропарь и кондак.