По свидетельству современников, со студентами у Иоанникия сложились весьма тёплые отношения, многим из них он оказывал как моральную, так и материальную поддержку. Студенты же перед отъездом Иоанникия из академии в благодарность купили на собранные деньги панагию и преподнесли своему бывшему руководителю. В Санкт-Петербурге Иоанникий исполнял также ряд других обязанностей, прямо не связанных с академией. 4 декабря 1860 г. был определён главным блюстителем преподавания Закона Божия во всех учебных заведениях столицы и её окрестностей, а 20 декабря того же года утверждён членом Санкт-Петербургской духовной консистории и членом Комитета по преобразованию духовно-учебных заведений, где работал под руководством своего учителя Херсонского архиепископа Димитрия (Муретова). В июне 1862 г. инспектировал Смоленскую и Полоцкую семинарии. 16 мая 1861 г. Иоанникий был назначен на вакансию епископа Выборгского, второго викария Санкт-Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора. 12 июня того же года в Троицком соборе Александро-Невской лавры Иоанникий был хиротонисан во епископа. В Санкт-Петербургский период его жизни был награждён орденом св. Анны второй степени, украшенным императорской короной (29 апреля 1861 г.), и орденом св. Владимира третьей степени (31 марта 1863 г.). 12 января 1864 г. Иоанникий был назначен на самостоятельную Саратовскую и Царицынскую кафедру, к месту служения прибыл 28 февраля того же года. После ходатайства Иоанникия в 1865 г. было разрешено планировавшееся ещё епископом Евфимием (Беликовым) издание «Саратовских епархиальных ведомостей». Первые два года служения Иоанникий посвятил, в основном, длительным поездкам, знакомству с жизнью приходов, бытом и проблемами местного духовенства. Поездки Иоанникий совершал «без маршрута», в тарантасе, в сопровождении лишь одного келейника, в связи с чем его нередко принимали за простого монаха, «ибо архиереи в такой простоте ранее никогда не ездили». По признанию Иоанникия, только за первый год он «успел осмотреть около трети епархии». Результатом поездок по епархии стала реформа в сфере благочиннического управления (Иоанникий заменил назначение благочинных их выбором на окружных съездах), а также создание ряда благотворительных и просветительных обществ, которые впоследствии стали образцовыми и для других епархий. 26 сентября 1865 г. Иоанникий утвердил проект устава Общества взаимной помощи заштатным священно- и церковнослужителям Саратова и сиротствующим семьям, с 1869 г. устав действовал в обществах по всей Саратовской епархии. 30 ноября 1865 г. в Саратове было открыто женское епархиальное училище, при котором действовал приют для малолетних детей бедного духовенства, официально открытый при преемнике Иоанникия епископе Тихоне (Покровском).