При его деятельном участии был принят указ Синода, согласно которому для увеличения средств на епархиальные нужды, особенно на нужды духовных училищ, по представлению съезда духовенства и с разрешения архиерея в епархии могли учреждаться свечные заводы, а при церквах – свечные лавки и устанавливаться обязательная для епархиальных церквей покупка свечей этих заводов. Позже благодаря настойчивости Иоанникия появился общегосударственный Закон о монопольном праве епархий на изготовление и продажу церковных свечей. Для увеличения епархиальных доходов Иоанникий добился постройки обширного каменного корпуса архиерейского дома; этот корпус сдавался под квартиры и магазины. Активная деятельность Иоанникия в Саратовской епархии была по достоинству оценена властями. 17 марта 1866 г. «за благоразумную деятельность по управлению вверенною епархией и заботливость о местных духовно-учебных учреждениях» он был награждён орденом св. Анны первой степени, а 31 марта 1874 г., уже после перевода в Нижегородскую епархию, – орденом св. Владимира второй степени за «просвещенную пастырскую деятельность», за «заботы о мерах к вразумлению и возвращению в недра св. Церкви заблудших чад», за «попечительность в открытии способов призрения и воспитания сирых детей духовенства». 13 июня 1873 г. Иоанникий был утверждён епископом Нижегородским и Арзамасским. Выехал из Саратова 13 июля 1873 г. Приезд Иоанникия в Нижний Новгород совпал с проведением в городе епархиального съезда духовенства. 22 августа епископ предложил съезду учредить приют для малолетних сирот – детей духовенства, на создание и содержание которого пожертвовал более 9 тыс. руб. Приют был открыт 26 сентября 1875 г. в отдельном здании при епархиальном женском училище. В том же году при семинарской церкви Иоанникий учредил братство Святого Креста по образцу саратовского, преследовавшее те же цели – благотворительность и борьбу с расколом. При Оранской в честь Владимирской иконы Божьей Матери пустыни основал ремесленную школу на сорок человек «для поступления тех детей духовенства, которые оказались бы неспособны к прохождению наук в училищах»; около 1875 г. в Серафимовом Дивеевском монастыре организовал литографскую мастерскую; в епархиальном женском училище учредил две именные стипендии, за что получил благодарность императора. 12 сентября 1876 г. в отдельном четырёхэтажном доме при Нижегородской духовной семинарии открыл первое в России общежитие для «своекоштных» воспитанников, прежде проживавших на частных квартирах. При этом 108 из 288 учащихся были поселены в нём бесплатно. Как и в Саратове, основным источником средств для устройства благотворительных и просветительных учреждений стал свечной завод, доходы которого существенно повысились. Другим источником финансирования стали добровольные пожертвования, прежде всего, самого Иоанникия.