Полагая просвещение в изучении свободных искусств, католики, по мнению Иоанна, противятся Христу и св. отцам, поскольку Христос просветил «простаков» не «поганской мудростью», но «благословенною простотою». Усложнённости и мирскому характеру католической науки Иоанн противопоставляет соединённую со смирением евангельскую (Иисусову) простоту православных. Отсюда постоянные характеристики православных как «простых, неучёных и смиренных», как «простой, глупой, ненаказанной (необразованной), дурной Руси». Отвергая искушения дьявола, «голяк-странник» отвечает ему: «Что за пожиток с того всего твоего дарохитрства, коли я простоты Исусовы навыкнути не смогу». В «Краткословном ответе Петру Скарге...» Иоанн, обращаясь к П. Скарге, восклицает: «Мы же будем... по Евангелию, прости, глупы, незлобливы! ...В твоего Костела мудрости и разуме... преступити до едности (единства) не хочемо и глупыми быти по разсуждению света сего изволяемо, яко да спасение душевное получим». Он призывает «русин»: «Не внимайте латинской лже пестроукрашенной, но в простоте и истинне шествуйте». Иоанн неоднократно писал о невозможности для православных полемики с католиками, поскольку методы ведения споров последними имели целью не установление, но искажение истины и через это привлечение православных в латинство: «То бо их (католических проповедников) ремесло: поганские науки баснословием, орациями, похвалами... слабоумных и ненаказанных прелщати». Александрийскому патриарху Мелетию Пигасу Иоанн приписывает такие слова: «От искуса (из опыта) навыкохом, яко сварливую диалектику латинскую и силогизмы с поганскими догмат выкрутами, с которых ся они на препирание будуют, и научени суть, и всегда учат, век свой на том изнуряючи и упражняючи, не толко простою правдою пребороти не можете, але, если бы и ангельски язык уверял, але ничто же успеют». От себя Иоанн добавляет: «Для того бо латинский Костел тую хитрую догму в себе основал, абы прением з белого чорное, а с чорного белое, яко за власную истоту перетворяючи, показовал, уверял с ними в гадание вшедших, абы никто их николиж правдою препрети или победити не возмог». Он резко критикует католические (иезуитские) школы, в которых изучаются свободные искусства («хитрости и художества граматычные, диалектичные, рыторичные и философские») для распространения с их помощью влияния католической церкви и для обоснования власти папы, т.е., по мнению Иоанна, для утверждения господства дьявола. В силу таких задач, по мнению православного полемиста, католическая наука становится «гнездом антихриста»: «Видеши ли, Скарго, иж в твоих школах и науках, от Костела латинского фундованных... гнездо антихристово фундованно есть».