Иоанн критикует учителей школы: «Чернилом хитрости (а не Духа Святаго словесы) воспитанные школные казнодеи, которые з латинской ереси себе способ ухвативши, зараз школы бают, проповедают и учат, а полеровнаго (просвещённого) и безстрастнаго жития не хочют... трудитися в церкви не хочют, толко комедии строят и играют». Он полемически противопоставляет программе католических коллегий, основанной на тривиуме (изучении грамматики, диалектики, риторики, позднее философии), свой план школьного обучения, ориентирующийся на традиционное для православных начётническое образование: «В-первых, ключь, или грецкую или словенскую грамматику, да учат. По грамматице же воместо лживое диалектикы (з белого черное, а з черного белое перетворяти учащее) тогда да учат богомолебного и праведнословнаго Часословца. Воместо хитроречных силогизм и велеречивое реторики тогда учат богоугодно молебный Псалтырь. Вместо философии, надворное (светской) и по воздуху мысль разумную скитатися зиждущее, тогда учат плачивый и смиреномудривый Охтаик, а по-нашему, церковнаго благочестия догматы – Осмогласник. Таже конечное и богоугодное предспеяние в разуме – делное богословие, тогда учат святую евангельскую и апостольскую проповедь с толкованием простым, а не хитрым... И если бы хотел, возлюбленный любомудрче, и надворное мудрости хитрость уведати, не возбраняется у наших, в церкви место имеющих, то есть в Соломоновых притчах, Премудрости, Еклесиасте, Сирахху и прочих старозаконных... к истинне посылающих». Ради лучшего утверждения в благочестии Иоанн рекомендует православным отказаться от народных обычаев и гуляний, связанных с церковными праздниками: от колядования и «щедрования» в Рождество Христово и на святках, от поминовения усопших после Пасхи на кладбищах, от гуляний на Светлой седмице (Иоанн осуждает «волочелне по воскресенью» – обычай в Светлый понедельник ходить друг к другу в гости с пасхальными поздравлениями, принося в дар «волочильное» – калач и писанки), от гуляний на весенний день памяти великомученика Георгия и на память апостолов Петра и Павла, от празднований Ивана Купалы. К проявлениям неблагочестия Иоанн относит также проведение ярмарок возле монастырей. В этих рекомендациях исследователи видят, в частности, влияние Львовского братства: в октябре 1592 г. братчики жаловались Константинопольскому патриарху Иеремии II на Львовского епископа Гедеона (Балабана), который не желал искоренять языческие пережитки в народе, несмотря на соборное решение 1590 г.