Апология церковнославянского языка также является одной из сквозных тем в творчестве Иоанна, писавшего: «Словенский язык пред Богом честнейший ест и от еллинскаго и латинскаго». Он считал недопустимым чтение на литургии Евангелия и Апостола на «простом языке», они должны читаться по-церковнославянски, в проповеди же на «простом языке» необходимо объяснить содержание евангельского и апостольского чтений. Причину особого достоинства церковнославянского языка писатель видит в отсутствии на нём сочинений внешней науки, в его нетронутости «мирской мудростью»: «В языку словянском лжа и прелесть... никакоже места имети не может, ибо ани диалектик и силогизм поганских (ницующих правду Божию во лжу), ани хитроречием лицемернаго фарисейства упремудряем, толко истинною, правдою Божиею основан». «Зане ж есть плодоноснейший от всех языков и Богу любимший, понеж без поганских хитростей и руководств, се ж есть кграмматик, рыторик, диалектик и прочих коварств тщеславных, диавола въместных, простым прилежным читанием... к Богу приводит». Церковнославянский язык противоположен латинскому языку, поскольку дьявол латинский язык «вседушне любит» и его «в поганскую хитрость перевернул, иж в нем никако же правда евангельская и простота святых места не имеет, толко лжа поганская, хитрость и фарисейство». Иоанн не делает различия между двумя значениями слова «язык»: «народ» и «средство общения». После приведённого выше сравнения церковнославянского и латинского языков он пишет об отсутствии святых в «мудром и хитром языку латынском» и о множестве «тел освященных, от языка словянскаго порожденных». Кроме того, этнические характеристики у него связаны с конфессиональными: слово «русский» для него означает и «принадлежность к Православию» (отказавшихся от православия писатель может называть «бывшими русинами»), главным критерием этнических различений является конфессия. Таким образом, народность, вера и богослужебный язык в представлении Иоанна соединяются в идентитарном комплексе (это – неоригинальная черта творчества Иоанна, то же исследователи говорят о большинстве православных писателей его времени). Иоанн был одним из первых западнорусских писателей, активно употреблявших наименования Великая Россия и Малая Россия и подчёркивавших их «родовую» и духовную общность, что, несомненно, создавало основы для появления в 1620 гг. в кругу митрополита Иова (Борецкого) идеи объединения всех древнерусских земель под властью русского царя и Московского патриарха.