Тритеизм вызвал схизму в лагере монофизитов, которые разделились на феодосиан (севириан) и кононитов (тритеитов). Незадолго до смерти Иоанн Филопон написал, как полагают исследователи, последнюю работу – «О воскресении». Его нетрадиционный взгляд на вопрос о природе воскресших тел вызвал впоследствии не менее масштабные споры, но уже в среде самих тритеитов. В 567 г. тритеитское сочинение Иоанна Филопона «О Троице» было осуждено на монофизитском Соборе в Александрии под председательством Иоанна Келлиота, а в 569 г. Иоанн Филопон и его учение были осуждены Иаковом Барадеем, основателем монофизитской иерархии яковитов. Халкидониты со своей стороны провозгласили анафему Иоанну Филопону и ереси тритеитов на шестом Вселенском соборе. Несмотря на испорченную богословскую репутацию, христологические трактаты Иоанна Филопона оставались ценным материалом для монофизитской аргументации и ещё долгое время были в употреблении среди нехалкидонитов. Среди исследователей существует множество мнений относительно того, был ли Иоанн Филопон рождён и воспитан христианином или же обратился в христианство позднее, был ли он христианином уже до того, как пришёл в школу к Аммонию, или ещё оставался язычником. В научной литературе существовала тенденция различать языческий и христианский периоды жизни Иоанна Филопона и в соответствии с этим разделять его сочинения на две группы: ранние, касающиеся проблем языческой философии, и поздние, главный предмет которых – вопросы христианского богословия. Однако позднее исследователи аргументированно доказали, что подобное разделение не согласуется с данными о литературной деятельности Иоанна Филопона. Его полемика с аристотелевским учением о вечности мира и его христианская позиция относительно сотворённости материи отчётливо проявляются в «Комментариях к “Физике” Аристотеля», которые датируются 517 г. Иоанн Филопон упоминает, что эти положения он уже представлял и раньше. По крайней мере, одно из сугубо философских произведений Иоанна Филопона («Комментарий к “Метеорологике” Аристотеля») было написано уже после его главного христианского апологетического трактата «О вечности мира против Прокла». Разногласия исследователей по этому вопросу усилились с того времени, как К. Веррикен вновь представил версию о языческом и христианском периодах жизни Иоанна Филопона, но уже в несколько изменённом виде. К. Веррикен приводит аргументы, исходя из того, что в «Комментариях к “Физике”» есть три отрывка, где Иоанн Филопон отсылает к восьмой книге этого сочинения, в которой он опровергает учение о том, что движение, а следовательно, и мир вечны. Однако эти ссылки не соответствуют содержанию некоторых дошедших до нас фрагментов из восьмой книги, в которых явно содержится утверждение о вечности мира.