По мнению исследователей, если предположение С. Эббесена верно, то влияние Иоанна Филопона на формирование средневековой логики может быть более значительным, чем считается ныне. Косвенным подтверждением знакомства логиков XIII в. с идеями Иоанна Филопона служит тот факт, что в комментарии Роберта Гроссетеста (ум. в 1253 г.) ко «Второй аналитике» страница латинского текста является дословным переводом из комментария Иоанна Филопона, который, как полагают  исследователи, был выполнен самим Гроссетестом. В комментарии Фомы Аквинского к аристотелевскому трактату «Об истолковании» встречается единственное упоминание Иоанна Филопона (в форме Philosophus, qui dicitur Ioannes Grammaticus) в связи с учением о свойствах речи, предположительно заимствованном у арабских комментаторов. По предположению ряда исследователей, физические идеи Иоанна Филопона повлияли на формирование концепции «импетуса» у схоластов XIV в. (Уильяма Оккама, Иоанна Буридана и др.), однако какие-либо свидетельства о знакомстве средневековых учёных с физическими сочинениями Иоанна Филопона отсутствуют. Таким образом, либо идеи Иоанна Филопона были восприняты латинскими авторами из арабских источников, либо речь идёт лишь о сходных концепциях, не зависимых друг от друга. Комментарии Иоанна Филопона к «Физике» Аристотеля впервые были опубликованы на Западе в 1535 г. в греческом оригинале; первый латинский перевод издан в 1542 г. (в это же время были опубликованы и другие комментарии Иоанна Филопона). Издание трудов Иоанна Филопона способствовало распространению его идей среди философов и учёных эпохи Ренессанса; в частности, на его сочинения неоднократно ссылался Галилео Галилей (1564–1642 гг.). Иоанн Филопон отличался большой работоспособностью и широтой научных интересов. Количество его сочинений насчитывает, по меньшей мере, сорок наименований. Иоанну Филопону принадлежат труды из области грамматики, логики, математики, физики, психологии, космологии, астрономии, богословия, трактаты церковно-политической тематики, также ему приписывают несколько медицинских трактатов. Основная часть литературного наследия Иоанна Филопона сохранилась до наших дней, однако ряд трактатов дошёл лишь в цитатах или переводах. Его сочинения были переведены на сирийский, арабский и латинский языки. Среди обширного философского наследия Иоанна Филопона важнейшее значение, по мнению исследователей, имеют философские комментарии, большая часть которых посвящена трактатам Аристотеля. Из семи сохранившихся комментариев четыре (на «Первую аналитику» и «Вторую аналитику», «О душе», «О возникновении и уничтожении») содержат подпись «из лекций Аммония сына Гермия» и примечание «с некоторыми собственными наблюдениями» (за исключением «Комментария на “Первую аналитику”»).