Как полагают исследователи Иоанн Филопон был самым перспективным из учеников Аммония. Довольно рано появляется большое количество написанных или отредактированных им трактатов из области философских и естественных наук, а также лингвистики. После смерти Аммония (около 520 г.) Иоанн Филопон стал продолжателем своего учителя в работе над комментариями к Платону и Аристотелю и одним из первых редакторов и «официальных издателей» сочинений Аммония Александрийского. По мнению исследователей, Иоанн Филопон также продолжил и чтение лекций, однако за ним никогда не была закреплена определённая должность на кафедре. Несмотря на ведущую роль в академии, после смерти Аммония он не получил признания среди коллег из-за серьёзных разногласий с языческой партией философов: Иоанн Филопон критиковал фундаментальные положения школы Прокла – Аммония. Вследствие этого он не стал во главе школы; сначала её возглавил математик Евтокий, затем – философ-язычник Олимпиодор. Позднее представители философского круга александрийской школы неоплатонизма в своём противостоянии Иоанну Филопону объединились с ещё более радикальной афинской школой. По мнению исследователей, подобная напряжённая и враждебная обстановка вынудила его оставить философскую карьеру. В 529 г. вышел эдикт императора Юстиниана о закрытии философских школ в Афинах. К этому времени существенно изменились акценты в философских сочинениях Иоанна Филопона. Если раньше в его произведениях были следы традиционных представлений, характерных для позднего платонизма в духе Аммония, объединяющих Платона и Аристотеля, то теперь Иоанн Филопон выступает против ряда существенных положений философии Аристотеля и Прокла, однако делает это не столько как апологет христианства, сколько как профессиональный философ, представитель александрийской школы неоплатонизма. Так, публикация полемического сочинения Иоанна Филопона «О вечности мира против Прокла» совпала по времени с закрытием Афинской академии (529 г.). Это сочинение Иоанна Филопона направлено против ряда основополагающих для школы Прокла – Аммония аксиом о вечности и неуничтожимости мира, в нём он предложил обоснование учения о создании мира Творцом из ничего. Та же установка Иоанна Филопона проявляется в сочинении «О вечности мира против Аристотеля». Критическое отношение Иоанна Филопона к Аристотелю задевало интересы платоновской школы и потому вызвало резкую критику со стороны другого ученика Аммония – Симпликия, который также учился у Дамаския и вместе с ним покинул Афины после 529 г. В комментарии к трактату Аристотеля «О небе» Симпликий именует Иоанна Филопона новичком, представителем «новомодной болтовни» (как он называет христианство), чей платонизм поверхностен, в силу чего он не может понять глубокого согласия учений Платона и Аристотеля, поскольку душа его одержима не разумом, а страстями и воображением.