Так она трактует и один из дошедших до нас фрагментов, где конониты приводили цитату из Иоанна Филопона, в которой он нападал на Кирилла Александрийского, обвиняя его в том, что тот писал: «Мы будем теми же, что и были, т.е. людьми, только несравненно лучше, поскольку будем бессмертны и нетленны» (источник цитаты исследователям неизвестен). Иоанн Филопон, как полагает Т. Хайнталер, спорит именно с этой фразой, считая, что Кирилл противоречит сам себе: сказать, что мы будем бессмертными и нетленными – не значит теми же, что и сейчас, поскольку сейчас мы тленны и смертны: «Говоря “бессмертны и нетленны”, ты показываешь, что воскресшие будут иной природы». Это рискованное выражение вызвало, вероятно, протест кононитов, увидевших серьёзное заблуждение в нападках на Кирилла и в утверждении «другой природы» по сравнению с нынешней. Как замечает Т. Хайнталер, «философ (т.е. Иоанн Филопон) не мог согласиться, что смертное, которое входит в определение природы, и бессмертное могут быть сказаны об одной и той же природе. Это противоречит нормальной концептуальной системе, которой учили в Академии, в частности, в школе Аммония. Поэтому он не мог представить трансформации старого тела в новое без разрушения старого, почему и терялось тождество земного тела с телом воскресения». Исследователи не исключают, что теория воскресения Иоанна Филопона была связана со спецификой его антропологического учения, в которой душа человека в его нынешнем состоянии соединяется со сформировавшимся эмбрионом. Таким образом, душа оказывалась как бы «приспособленной» к тленному телу, в воскресении же, если Иоанн Филопон его мыслил как творение нового тела, которое уже не может разделиться с душой, очевидно, последовательность была иной: тело некоторым образом создавалось в соответствии с бессмертной душой и, возможно, на основе её; не случайно конониты обвиняли Иоанна Филопона в оригенизме. Впрочем, обрывочность дошедших до нас сведений о сочинениях Иоанна Филопона этого периода позволяет исследователям лишь строить догадки о ходе его мысли. В своём учении о воскресении, судя по свидетельствам современников, Иоанн Филопон продолжал отстаивать ту же концепцию конечности этого творения и грядущего творения «всего нового», как и в ранних космологических сочинениях. Так описывал учение Иоанна Филопона о воскресении Тимофей Константинопольский: «Все эти видимые и чувственные тела были приведены Богом в бытие из ничего. Они сотворены тленными и разрушаются и по материи, и по форме (эйдосу), и вместо этих Бог творит новые, лучшие тела, нетленные и вечные. (Он учил) завершению этого видимого мира (космоса) и... творению нового космоса. Воскресение мёртвых определяется как нерушимое единство разумной души с нетленным телом».