Формирование Иоанна Филопона как философа прошло в неоплатонической традиции, однако, в конечном счёте, он разошёлся с ней по многим фундаментальным вопросам и обратился к её критике. Все новаторские идеи Иоанна Филопона относительно физического мира впервые зафиксированы в комментариях к сочинениям Аристотеля; ни один из сохранившихся достоверных источников не содержит указания на то, что подобные идеи встречаются у Аммония. Кроме того, на примере комментариев исследователи наблюдают некоторую эволюцию идей Иоанна Филопона. Особенно это заметно на примере поздних «Комментариев на “Метеорологику” Аристотеля», где он отходит от своих ранних концепций вне всякой связи с идеями других учеников Аммония). Толкование Иоанна Филопона аристотелевского текста в «Комментариях» предваряется разъяснением основных вопросов для тех слушателей, которые впервые приступили к изучению философии (такое же вступление находится в предисловии к «Комментариям на “Введение” Порфирия»). 1. Фундаментальный богословский труд «Арбитр» (или «Посредник»), до 553 г., полностью сохранилось только в сирийской версии, фрагменты на греческом сохранились у Иоанна Дамаскина и в «Doctrina Patrum de Incarnatione Verbi». Несколько отрывков приведены в конспективной форме у Никиты Хониата. Сочинение Иоанна Филопоне является основным источником для изучения его христологии. Целью его написания было достижение единомыслия в церкви по вопросу соединения природ во Христе через прояснение богословских понятий и поиск способа изложения христологического учения. Никифор Каллист ошибочно представил «Арбитра» как главное тритеитское произведение Иоанна Филопона. Однако, несмотря на то что в «Арбитре» уже присутствуют некоторые предпосылки для тритеизма, основу содержания сочинения составляет последовательное обоснование монофизитской христологии с помощью философских аргументов. Сочинение состоит из десяти глав. Особое значение имеет седьмая глава, где представлена основная терминология и аргументация Иоанна Филопона. Важность этой главы подтверждает тот факт, что она была почти полностью включена в хрестоматию VII–VIII вв., известную как «Doctrina Patrum» («Учение отцов»). 2. «Краткое изложение книг Арбитра» (сирийский текст с латинским переводом). 3. «Две апологии. Двойное разрешение некоторых сомнений в Арбитре» (сирийский текст с латинским переводом). Вскоре после составления «Арбитра» Иоанн Филопон решает написать ещё два сочинения: «Краткое изложение» и «Две апологии», поскольку некоторые из представителей монофизитской общины, по-видимому, стали подозревать его в симпатии к учению халкидонитов, что, вероятно, стало следствием примирительного, нейтрального тона и открытости «Арбитра».