Исследователи отмечают, что в тексте Иоанна Зонары, особенно в описании эпохи IV–V вв., заметно использование сочинений ряда других авторов (Малха Филадельфийца, Кандида, Евнапия Сардского, Зосимы, Иоанна Антиохийского, Иоанна Родосского); часть источников Иоанна Зонары остаётся исследователями неустановленной. Наибольшим значением как независимый исторический источник обладает восемнадцатая книга хроники, посвящённая событиям конца XI – началу XII в., свидетелем которых был автор. Помимо широкого круга источников отбор фактологического материала в хронике и его композиционное расположение свидетельствуют о стремлении Иоанна Зонары к расширению исторических знаний, а также в некоторых случаях – о его желании пересмотреть устоявшиеся оценки тех или иных исторических персонажей и эпох. По мнению исследователей, изложение событий разных периодов несколько неоднородно. Так, в описании событий IV–V вв. Иоанн Зонара проявил склонность к шаблонному изложению историй правления наиболее знаменитых императоров (Константина, Феодосия I, Феодосия II), следуя, в основном, хронике Георгия Монаха, и, наоборот, стремился к поиску оригинальных решений в изложении других периодов (правления Констанция II, Юлиана), привлекая многие другие источники. Основную информацию по церковной истории Иоанн Зонара заимствовал также у Георгия Монаха, освещая её в традиционном для хронистики виде. В то же время исследователи отмечают, что история церкви и вселенских Соборов оказывается несколько на периферии интересов Иоанна Зонары. Привлекая большое число текстов светских античных историков, он не использует произведений византийских церковных историков IV–VI вв. (кроме Евсевия). В сравнении с хрониками Иоанна Малалы и Георгия Монаха в текстах Иоанна Зонары существенно меньше назидательности, отсутствует провиденциальное объяснение событий. Так, рассказывая о пророчестве некоего Валента императору Константину о том, что основанный им Константинополь будет стоять твёрдо 696 лет, Иоанн Зонара иронично замечает, что после этого времени (т.е. с 1026 г.) в Византии действительно закон уступил место грабежу и тирании. Рассказ о событиях современности содержит яркие обличительные выступления автора против ряда правителей Византии XI в. Иоанн Зонара оценивает своё время как эпоху упадка традиций государственного порядка и права. Как юрист Иоанн Зонара отмечает происходящую узурпацию императорами властных полномочий или ресурсов государства, которыми они по традиции не должны распоряжаться. В подобных стремлениях хронист обвиняет Василия II Болгаробойцу, Константина IX Мономаха, но больше всего Алексея I Комнина. По его мнению, Алексей I Комнин управлял империей как собственной вотчиной, а не как общественным достоянием, считал себя не распорядителем, а хозяином государства.