В связи с этим большое число научных публикаций (Т. Бюттнер-Вобст, К. Крумбахер) было посвящено определению источниковой базы Иоанна Зонары, выявлению скрытых цитат и оценке происхождения той или иной информации в хронике. Эти вопросы в настоящее время, в основном, могут считаться решёнными, хотя текст Иоанна Зонары содержит ещё очень много неясного. В последнее столетие в науке хронике Иоанна Зонары в целом уделяется мало внимания. Тем не менее, она получила оценку как одно из важных свидетельств общественно-политической борьбы в Византии XII в., оппозиционных настроений части византийского общества по отношению к политике династии Комнинов. К агиографическим произведениям относятся: Житие папы Римского Сильвестра I, Похвала Александрийскому епископу Кириллу, Похвала преподобной Евпраксии, Толкование на Иерусалимского патриарха Софрония I. К ним примыкают два гомилетических произведения: Слово на Сретение Господне и Слово в Неделю Крестопоклонную Великого поста. Из этой группы сочинений изданы только Житие Сильвестра I и Толкование на Софрония I. Богословские произведения включают Толкования на стихи Григория Богослова, изданные частично, в том числе под именем Феодора IV Вальсамона, а также неизданный антилатинский Трактат об исхождении Святого Духа (этот полемический трактат сохранился в рукописи XV в.). Кроме того, в группу богословских сочинений входят канон Божьей Матери (который включает краткое изложение в поэтической форме и осуждение мариологических заблуждений, свойственных различным ересям) и толкования богослужебных канонов Иоанна Дамаскина (в рукописях к этим толкованиям иногда примыкает трактат о Святом Духе). В рукописях встречаются также совершенно не исследованные и до сих пор не изданные богословские произведения Иоанна Зонары: толкование на Октоих в рукописи XVI–XVII вв.; «Песнопения Зонары и Никифора Патрикия», в рукописи XV в.; «Толкование Зонары, монаха и философа» (объяснение некоторых богословских понятий, в рукописи XV в.). Под именем Иоанна Зонары опубликовано три письма (в примечаниях к трактату «Против антропоморфитов» Кирилла Александрийского). Издатель писем Б. Вулканий хотел опубликовать их полностью, но умер, не успев осуществить своё намерение. В рукописях (например, XVI в.) насчитывается 55 писем (или глав) Иоанна Зонары, адресованных разным лицам и имеющих богословское содержание. Однако эти письма обычно атрибутируются Михаилу Глике (в PG под именем Михаила Глики издано 29 писем). Тем не менее, вопрос об авторстве данных писем, которые в рукописях встречаются под именами как Михаила Глики, так и Иоанна Зонары, остаётся спорным. В некоторых рукописях Иоанну Зонаре приписывается так называемый «Лексикон Зонары» (название дано публикатором).