Алексею Степановичу Павлову удалось доказать, что Иоанн Зонара оставался жив до 1159 г., т.к. в комментарии к Неокес. 7 он упоминает о втором браке Мануила I Комнина, который во время А.С. Павлова датировался 1159 г. Теперь установлено, что этот брак состоялся 25 декабря 1161 г., в связи с чем принято считать, что Иоанн Зонар прожил как минимум до начала 1162 г. С другой стороны, смерть Иоанна Зонары должна была наступить не позднее 1166 г., поскольку в апреле этого года были изданы синодальное постановление и новелла Мануила Комнина о недействительности и принудительном расторжении брака между лицами, находящимися в седьмой степени бокового родства. Иоанн Зонара, касаясь этого вопроса в трактате о степенях родства, решает его на основании старых правил – синодального постановления от 17 апреля 1038 г., по которому такой брак не расторгался, а лишь влёк наложение епитимий на супругов. Если бы Иоанн Зонара был ещё жив после 1166 г., он, как добросовестный юрист, внёс бы соответствующие коррективы в свой трактат. Таким образом, смерть Иоанна Зонары исследователи относят к 1162–1166 гг. О жизни Иоанна Зонары исследователям известно только из его произведений. В заглавии «Краткой хроники» сказано, что её автор – монах, который до пострига был великим друнгарием виглы и протасикритом. Димитрий II Хоматин, упоминая об Иоанне Зонаре, называет его так же. Исследователи полагают, что Иоанн Зонара вначале стал протасикритом – начальником императорской канцелярии, а затем был назначен на более высокий пост друнгария виглы. Первоначально это была должность командующего дворцовой гвардией, а с начала XI в. – председателя императорского суда. Для исследователей остаётся неясным, когда и по какой причине Иоанн Зонара оставил государственную службу и удалился в монастырь. «Краткая хроника» доведена им до 1118 г., т.е. до смерти Алексея I Комнина и начала правления Иоанна II Комнина, причём дворцовую жизнь этого периода Иоанн Зонара описывает на основании собственных наблюдений. Таким образом, в это время он ещё сохранял свои должности. С другой стороны, в хронике мимоходом сообщается и о некоторых более поздних событиях. В предисловии к «Краткой хронике» Иоанн Зонара пишет, что стал монахом, пережив потерю близких ему людей, видимо, членов семьи (однако он не говорит прямо об их гибели, и его слова можно интерпретировать также как намёк на насильственное разлучение с родными). Монастырь, где он поселился, был расположен на небольшом островке; Иоанн Зонара жалуется, что в этой глуши ему трудно доставать необходимые для работы над хроникой книги, и называет себя «изгнанником». По мнению Раймона Жанена, это выражение имеет переносный смысл, однако указанное слово и производные от него встречаются в хронике Иоанна Зонары более 60 раз и везде обозначают именно ссылку.