Наряду с общей эрудицией Иоанн Зонара отличался глубокими познаниями в тех областях, которыми занимался специально, т.е. в истории и правоведении. Он досконально изучил труды римских и византийских историков и умело пользовался ими при работе над «Краткой хроникой». Комментарии к канонам и юридические трактаты Иоанна Зонары свидетельствуют о нём как о знатоке источников церковного и светского права. В одном лишь небольшом его трактате о степенях родства есть около 30 цитат и ссылок на юридические источники. Однако высокий интеллектуальный уровень Иоанна Зонары и его рационалистические взгляды на жизнь общества не мешали ему разделять некоторые суеверия своего времени. Он, например, считал, что манипуляции «волшебников» действительно могут приносить вред людям. Иоанну Зонаре принадлежит ряд произведений различных жанров. По содержанию исследователи делят их на юридические, исторические, агиографические и богословские. К юридическим принадлежит, прежде всего, комментарий Иоанна Зонары (толкование) к Апостольским правилам, правилам вселенских и поместных Соборов и св. отцов. Отдельные части этого комментария были изданы в 1618 и 1621–1622 гг. Первое издание комментария в полном виде было осуществлено Вильгельмом (Уильямом) Беверегием в 1672 г. и перепечатано в Афинской синтагме и в PG. В издании В. Беверегия и в PG толкованию Иоанна Зонары на каждый канон предшествует комментарий патриарха Феодора IV Вальсамона, в Афинской синтагме принят обратный порядок. Параллельный латинский перевод канонов и комментариев, имеющийся у В. Беверегия и в PG, в Афинской синтагме опущен. Всего канонический корпус включает 781 канон (согласно нумерации, принятой в Афинской синтагме и в русском переводе толкований), из которых Иоанн Зонара прокомментировал 742. Согласно Фридриху Августу Бинеру, ссылающемуся на некоторые рукописи Венской библиотеки, Иоанну Зонаре также принадлежат опубликованные под именем Феодора IV Вальсамона комментарии к канонам Тимофея, Феофила и Кирилла Александрийских. Это мнение было поддержано А.С. Павловым, который указал три аналогичные рукописи с толкованиями Иоанна Зонары из московской Синодальной библиотеки. В таком случае общее число истолкованных Иоанном Зонарой канонов составляет 771. Канонический комментарий Иоанна Зонары был написан позднее, чем толкования Алексия Аристина на канонический Синопсис. Алексий Аристин, как полагают исследователи, дожил до 1166 г.: на Константинопольском синоде 1166 г. присутствовал «великий эконом (одна из должностей, которые занимал Алексий Аристин) Алексий», однако толкования он написал при императоре Иоанне II Комнине. В толкованиях же Иоанна Зонары отражены события правления Мануила Комнина: второй брак императора, а также дело патриарха Николая IV Музалона (1147 г.).