Хроника Иоанна Зонары оказала существенное влияние на развитие византийской хронистики и историографии. Ею уже с середины XII в. пользовались все византийские авторы, составлявшие всемирные хроники: Константин Манасси, Михаил Глика, Ефрем. В работе Иоанна Зонары присутствует новая для Византии тенденция к преодолению сложившейся традиции историописания в форме хроники. Расширив круг источников, Иоанн Зонара в ряде случаев уже с трудом мог излагать свой материал в традиционной форме хроники. Он был вынужден либо отказываться от упоминания многих подробностей, о которых знал по источникам, либо чрезмерно упрощать их, искажая смысл. Вместе с тем новые для византийской хронистики черты работы Иоанна Зонары позволили ему сделать первые шаги в поиске научного жанра собственно «всемирной истории», который получил развитие в эпоху Ренессанса и Нового времени. Хроника была частично переведена на церковнославянский язык в Сербии, как полагают исследователи, около 1344 г. (древнейший сербский список представлен отрывком в сборнике второй половины XIV в. – Российская национальная библиотека). Около 1408 г. сербским монахом Григорием на Афоне была составлена сокращённая редакция Хроники («Паралипомен») для сербского деспота Стефана Лазаревича, сохранившаяся в единственном русском списке начала XVI в. (Российская государственная библиотека). Исследователям известна также особая редакция славянского текста Хроники в сербском списке около 1433 г. На Руси в начале XVI в. получил известность только «Паралипомен», который между 1516 и 1522 гг. был использован в Иосифо-Волоколамском монастыре при составлении Русского хронографа. По славянским рукописям полностью реконструируются лишь первые шесть книг перевода (до разрушения Иерусалима Навуходоносором); остальные разделы перевода известны исследователям в рукописях лишь фрагментарно. Исследовательница славянского перевода А. Якобс использовала пять рукописей, содержащих значительные части перевода: Библиотеки Академии Наук, первая половина XVI в.; Российской государственной библиотеки; рукопись XVI в.; Београд Академии Наук, 1508 г., Библиотеки Карловацкой митрополии, XV в. В печатном издании хроника была впервые опубликована в 1557 г. в Базеле Иеронимом Вольфом. В XVI–XVII вв. в Западной Европе она была очень популярной среди любителей древностей, славилась своими литературными качествами; в 1560 г. почти одновременно были изданы её переводы на итальянский и французский языки. Исследователем XVII в. Шарлем Дюканжем труд Иоанна Зонары был условно разделён на 18 книг. В XIX – начале XX в. хроника привлекала внимание учёных как источник для реконструкции утраченных античных текстов, прежде всего, Диона Кассия и Евсевия.