Таким образом, Иоанн Зонара мог использовать труд Алексия Аристина при подготовке своих комментариев. Этот вывод А.С. Павлова был оспорен Николаем Александровичем Заозёрским, который хотя и пытался доказать, что литературная деятельность Иоанна Зонары относится ко времени Алексея Комнина, и что Иоанн Зонара скончался вскоре после 1118 г., никак не комментирует факт осуждения Николая IV Музалона в толкованиях Иоанна Зонары. Мнение о том, что Иоанн Зонара жил (или, по крайней мере, писал) раньше Алексия Аристина, приводится без какого-либо обоснования и в некоторых современных справочниках, хотя большинство учёных разделяют взгляды А.С. Павлова. В отличие от Алексия Аристина и Феодора IV Вальсамона, которые осуществили комментирование канонов по официальному распоряжению властей (императора, а в случае с Феодором IV Вальсамоном – и патриарха), Иоанн Зонара работал над комментариями как частное лицо. Его труд исследователи считают неофициальным толкованием, хотя и получившим широкое признание. Иоанн Зонара написал также два небольших юридических трактата. В первом («О недопустимости брака двух троюродных братьев с одной женщиной») речь идёт об отношениях родства и свойства как препятствии к браку. Иоанн Зонара приходит к выводу, что брак в седьмой степени бокового родства дозволяется лишь по снисхождению, а брак в шестой степени свойства должен быть запрещён. Второй трактат («Слово к тем, кто считает грехом естественное истечение семени»), казалось бы, не имеет отношения к юриспруденции. Однако этот специфический вопрос, связанный с христианской нравственностью, рассматривался раньше в канонах Дионисия Александрийского, Афанасия Великого и Тимофея Александрийского. Иоанн Зонара ссылается на нормы данных канонов для обоснования своей позиции о ненаказуемости «естественного истечения». Наконец, исследователям известна небольшая заметка (разъяснение) Иоанна Зонары, касающаяся «тома Сисиния». В этой заметке (в отличие от трактата о браке) Иоанн Зонара придерживается буквального понимания «тома» в смысле запрета браков лишь в определённых комбинациях шестой степени свойства, а не любых браков между свойственниками данной степени. «Том Сисиния» с заметкой Иоанна Зонары есть в рукописях XV в. и в Российской национальной библиотеке (XIV в.; заметка в виде маргиналии). «Изложение истории» – всемирная хроника, написанная Иоанном Зонарой в 1140–1150 гг., когда после смерти императора Иоанна II Комнина (1143 г.) он покинул государственную службу. Из заглавия к хронике в ряде рукописей исследователям известно, что автор в это время жил на острове Св. Гликерии близ Константинополя; он не имел доступа ко многим книгам, которые хотел бы использовать в работе.