Несмотря на столь большой объём заимствованного материала, Феодор Вальсамон почти нигде не указывает использованный источник – в его комментариях насчитывается лишь три прямых упоминания Иоанна Зонары. В «Алфавитной синтагме» Матфея Властаря подавляющее большинство комментариев к канонам является выдержками из толкований Иоанна Зонары и (в большей степени) Феодора Вальсамона. Согласно С.Н. Трояносу, толкования Иоанна Зонары использованы в «Алфавитной синтагме» только в пяти местах. Однако более тщательный подсчёт, учитывающий опосредованное (через комментарии Феодора Вальсамона) использование толкований Иоанна Зонары, показывает исследователям, что в сборнике Матфея Властаря встречаются заимствования из 111 толкований Иоанна Зонары. При этом Матфей Властарь, как и Феодор Вальсамон, почти не ссылается на Иоанна Зонару. Напрямую Иоанн Зонара упоминается Властарем лишь один раз. Кроме того, в одной из рукописей «Алфавитной синтагмы» Иоанн Зонара (наряду с Феодором Вальсамоном) указан в предисловии как автор, у которого заимствованы толкования. Эти особенности использования комментариев Иоанна Зонары (цитаты без указания источника и употребление толкований Феодора Вальсамона, заимствованных им у Иоанна Зонары) показывают, что влияние канониста на поздневизантийские правовые памятники может оказаться гораздо более значительным, чем считается в настоящее время. Так, в Пространном Прохироне (около 1300 г.) есть лишь одна ссылка на Иоанна Зонару. В то же время в данном сборнике содержатся выдержки из нескольких десятков комментариев Феодора Вальсамона на каноны, причём в некоторых из них встречаются заимствования из толкований Иоанна Зонары. Толкования Иоанна Зонары включались также в церковно-правовые сборники поствизантийского периода. Они были использованы, в частности, в Номоканоне Мануила Малакса. Одиннадцать выдержек из комментариев Иоанна Зонары есть в «Номиконе» Феофила из Янины. Исследователи считают особенно важным фактмногочисленных  заимствований из комментариев Иоанна Зонары в «Пидалионе», т.к. данный сборник был официально санкционирован церковной властью. Согласно предисловию Никодима Святогорца к «Пидалиону», Иоанн Зонара занимает «первое место» среди толкователей канонов, а Феодор Вальсамон по сравнению с Иоанном Зонарой – «как подросток в сравнении с взрослым мужчиной». Толкования Иоанна Зонары использованы в «Пидалионе» в гораздо большем объёме, чем толкования Феодора Вальсамона. Издатели «Пидалиона» либо дословно приводят комментарий Иоанна Зонары (21 толкование), либо дают его близкий к тексту пересказ (54 толкования), либо передают своими словами основную мысль Иоанна Зонары (217 толкований). Кроме того, 38 толкований «Пидалиона» представляют собой соединение комментария Иоанна Зонары и какого-либо другого канониста (например, Феодора Вальсамона).