В связи с этим заслуживает внимания исследователей предположение К. Циглера, согласно которому Иоанн Зонара был сторонником Анны Комнины; после неудачной попытки переворота в 1118 г. он был сослан и потому решил окончить свою хронику 1118 г., написав, что излагать последующие события «не полезно и не своевременно». Где именно располагался его монастырь, Иоанн Зонара не сообщает. То, что его иногда называют афонским монахом, связано с поздним (XVI в.) свидетельством о существовании в некоем афонском монастыре надгробия с эпитафией: «В этой гробнице покоится мудрый Зонара». Ещё Шарль дю Френ Дюканж выразил сомнение в достоверности этих сведений; А.С. Павлов тоже считал их маловероятными. Судя же по заголовкам некоторых рукописей с произведениями Иоанна Зонары, местом его монашеского уединения был находившийся в Пропонтиде (Мраморном море) остров Св. Гликерии (ныне Инджир, в 2 км от полуострова Тузла, Турция). Располагавшийся на острове одноимённый монастырь упоминается в хрисовуле Мануила Комнина (март 1158 г.) в числе других монастырей, которым предоставляются привилегии. Географическое положение острова (в Мраморном море, неподалёку от Константинополя) показывает, что ламентации Иоанна Зонары по поводу удалённости от столицы не следует понимать буквально. Они, скорее, отражают его психологическое состояние в ситуации, когда очень близкий по расстоянию Константинополь с его светской жизнью оказался навсегда закрыт для него. Тем не менее, Иоанн Зонара, побуждаемый друзьями к писательскому труду, нашёл в себе силы создать в этих условиях ряд сложных произведений большого объёма. Сочинения Иоанна Зонары свидетельствуют о его разносторонних интересах и энциклопедической образованности. Так, из толкований на каноны исследователям видно, что он не только знал «свободные искусства», биологию и медицину, но и имел философское образование. Круг чтения Иоанна Зонары был достаточно большим. Он хорошо знал Священное Писание и творения отцов церкви. Библейские цитаты встречаются у Иоанна Зонары в комментариях к более чем 80 канонам. В его толковании на Анкир. 12 есть ссылка на «слова» Григория Богослова и Василия Великого. Иоанн Зонара даже написал комментарии к некоторым стихотворениям Григория Богослова. Его начитанность распространялась и на произведения античных авторов; соответствующие цитаты и аллюзии встречаются у Иоанна Зонары не только в «Краткой хронике», но и в юридических сочинениях. Так, он цитирует Еврипида в конце трактата о степенях родства, а в толковании на Васил. 90 упоминает об Аяксе, не совсем точно цитируя Синесия Киренского.