После взятия Нарвы в 1558 г. царь приказал «город освящати» архимандриту новгородского Юрьева монастыря и протопопу Софийского собора и поставить в нём храмы в честь Воскресения Христова и в честь иконы Божьей Матери «Одигитрия». К концу 1550 гг. исследователи относят замысел создания «по царскому заказу» «Книги степенной царского родословия» – изложения русской истории в форме биографий правивших в Русской земле государей. Главная идея книги – необходимость для России существовавшей в ней с самого начала сильной самодержавной власти, всякое ослабление которой вело к печальным последствиям. Одновременно в «Степенной книге» последовательно подчёркивались безукоризненное правоверие русских государей, их постоянное тесное сотрудничество с церковью. В «Степенной книге» жизнеописания государей сопровождаются житиями их святых современников. Работу над этим огромным сочинением вела, по мнению исследователей, группа книжников во главе с царским духовником протопопом Благовещенского собора Андреем, который в 1562 г. принял постриг в Чудовом монастыре с именем Афанасий и в 1564 г. стал митрополитом всея Руси. Несколько обителей в эти годы удостоились особых милостей со стороны царя. Рождение, а затем выздоровление царевича Ивана Ивановича приписывались покровительству Никиты Столпника. Прежде незначительный, переславль-залесский во имя великомученика Никиты мужской монастырь превратился в большую общежительную обитель, где были построены собор во имя преподобного Никиты, каменные трапезная и ограда. Монастырь был щедро наделён землями. Царь позаботился и о восстановлении запустевшего Данилова монастыря, где находились останки его предка, князя Даниила Александровича. В мае 1561 г. был освящён построенный в монастыре храм во имя Отцов семи Вселенских Соборов, монастырь получил большие земельные владения. По приказу царя осенью 1556 г. был позолочен верх Троицкого собора Троице-Сергиева монастыря, а в январе 1561 г. царь «по совету» митрополита Макария «учинил» троицкого игумена архимандритом, занявшим первое место в иерархии настоятелей русских монастырей. К началу 1560 гг. у царя сложилось убеждение, которое он выразил в первом послании А.М. Курбскому, что духовенство должно ограничиваться своей сферой деятельности и не вмешиваться в государственные дела. С одной стороны, у Ивана IV Васильевича всё большее раздражение вызывало «печалование» иерархов за попавших в немилость представителей знати. Это недовольство отразилось в послании, отправленном царём из Александровой слободы перед учреждением опричнины. При установлении опричного режима царь добился того, что право «печалования» русским духовенством было утрачено. С другой стороны, Иван IV Васильевич прилагал усилия, чтобы приобрести среди духовенства сторонников своей политики.