Он выражал готовность обсуждать с отцами Собора не только церковные дела, но и «земские нестроениа»: «И мы вашего святительского совета и дела требуем и советовати с вами желаем». При активном участии царя был принят ряд решений, направленных на искоренение недостатков в жизни приходского духовенства. Из протопопов и поповских старост были созданы органы, которые должны были наблюдать за тем, как приходские священники выполняют свои обязанности и какую ведут жизнь, наставлять и поучать их. Подчёркивалось, что архиерей должен рукополагать в священный сан только добродетельных и грамотных людей, не считаясь с иными пожеланиями прихожан. Решения Собора предусматривали создание во всех городах училищ для обучения будущих священнослужителей грамоте и церковному пению. Архиереи должны были надзирать за перепиской книг. Богослужебные книги следовало исправить, писцы должны были при переписке использовать «правленые» книги. От этих решений Собора шёл путь к созданию книгопечатания (в начале 1560 гг. на средства из царской казны в Москве была создана государственная типография, печатавшая «правленые» богослужебные книги). Архиереям также следовало наблюдать за деятельностью иконописцев и признавать «мастером» только такого ученика, который пишет «искусно» и следует установленным иконографическим образцам. Предусматривалось, что иконописцы, не подчиняющиеся архиерею, «царскою грозою накажутся». Царь и отцы Собора исходили из того, что новое, добродетельное и грамотное, духовенство станет активно воспитывать паству, бороться с пороками. В этой работе духовенство могло рассчитывать на поддержку царской власти, задачей которой было оградить страну от вредных внешних идеологических влияний. Власть должна была бороться с деятельностью «лживых пророков», запретить занятия астрологией и чернокнижием; в решениях Собора дважды отмечено, что власть призвана бороться с сохранявшимися среди сельского населения языческими обычаями. Эту функцию власти царь относил к кругу своих важных обязанностей. Об этом говорят как активное его участие в Соборах «на еретиков», созывавшихся в середине 1550 гг., так и некоторые более поздние свидетельства (например, рассказ о сожжении по приказу Ивана IV Васильевича воза книг, привезённых из Польско-Литовского государства). Программа воспитания духовенства и общества должна рассматриваться как свидетельство достаточно глубокого сотрудничества светской и церковной властей в России в середине XVI в. В других вопросах такого совпадения интересов не было. Недовольство церковной иерархии вызывала практика выдачи царём несудимых грамот, когда клир приходского храма или братия монастыря освобождались от суда архиерея и уплаты налогов в его казну и подчинялись только суду монарха. В результате усилий иерархов в статье 91 Судебника 1550 г. было включено положение о подсудности всех «церковных людей» архиерею.