В статье 91 Судебника 1550 г. предписывалось вывести «торговых людей» при участии жителей посада из городских владений монастырей, где теперь разрешалось жить только нищим. Это решение встретило сильное сопротивление, и уже 15 сентября 1550 г., после встречи митрополита и царя, было принято решение, по сути, отменявшее статью 91 Судебника (глава 98 Стоглава). За церковью были сохранены старые слободы с проживавшим в них населением «по старине», а новые слободы должны были «тянути з гороцкими людми во всякое тягло», люди, поселившиеся в них после писцового описания, должны были вернуться в посад. Церковь также принимала на себя обязательство «новых слобод не ставити и дворов новых в старых слободах не прибавливать». И в данном случае речь идёт о компромиссе, достигнутом ценой взаимных уступок. Интересы церкви затрагивала и статья 43 Судебника 1550 г., которой предписывалось не выдавать новых тарханных грамот, освобождавших владения от уплаты основных государственных налогов, «а старые грамоты тарханные поимати у всех». Установление это не было направлено специально против церкви, но многие церковные учреждения были обладателями таких грамот. Постановления статьи 43 Судебника были реализованы во время пересмотра жалованных грамот в мае 1551 г.; большинство податных освобождений сопровождалось теперь формулой «опричь ямских денег, и посошные службы, и тамги». Такие ограничения распространялись, например, на все владения Троице-Сергиева монастыря. От уплаты налогов были освобождены владения архиерейских домов (была подтверждена тарханная грамота 1538 г. Коломенскому епископу на слободы в Коломне) и Иосифова Волоколамского монастыря, которому были подтверждены все тарханные грамоты Василия III Ивановича (это самое раннее свидетельство особого расположения Ивана IV Васильевича к обители). Ряд почитаемых обителей, как, например, Кириллов Белозерский и Соловецкий в честь Преображения Господня монастыри, сохранили в 1551 г. право беспошлинной торговли солью, но в середине 1550 гг. они это право утратили. Серьёзно затронула интересы церкви ещё одна мера, предусмотренная проектом реформ 1550 г., – отправка писцов для проведения нового податного описания, с которым исследователи связывают введение новой единицы обложения – «большой сохи». Размер «большой сохи» был разным для разных видов земельной собственности: для земель служилых людей «большая соха» равнялась 800 четвертей «доброй земли» в одном поле, для церковных земель – 600 четвертей, для черносошных земель – 500 четвертей. Эта мера означала, что церковная земельная собственность, если на неё не распространялись льготы, облагалась налогами по более высоким ставкам, чем владения служилых людей.