Аргументы царя в замаскированной форме ставят вопрос о ликвидации (или сокращении) монастырского землевладения. Даже изложенное в таком виде предложение вызвало острую реакцию отцов Собора. В главе 53 Стоглава посягающие на церковную собственность уподобляются «татям и разбойникам». В главе 75 («Ответ о вотчинах и куплях») говорится об отлучении от церкви каждого, кто покусится на церковное имущество: «Страшные запрещения не токмо простым, но и самем царем и вельможам». Столкнувшись с солидарным сопротивлением духовенства, государственная власть, в основном, направила усилия на создание препятствий для роста церковного землевладения в будущем. Согласно совместному приговору царя и Собора от 11 мая 1551 г., объявлялись незаконными земельные пожалования, сделанные церкви после смерти великого князя Василия III Ивановича, эти земли должны были быть возвращены, как и земли, приобретённые незаконным путём в годы «боярского правления». Приговор подтверждал действенность уложения великих князей Ивана III Васильевича и Василия III Ивановича, запрещавшего некоторым группам землевладельцев (в том числе некоторым княжеским родам) давать вклады в монастыри «без доклада» правителю. Такая практика была распространена в приговоре на всех землевладельцев. Указанное уложение было дополнено установлением, что продажа земель церковным учреждениям также не может производиться «без царева и великого князя ведома и без докладу». Карой за нарушение был переход соответствующего владения к государству. Одновременно за церковью сохранялась основная масса её земель, в её пользу было существенно ограничено право родового выкупа (лишь тогда, когда это было специально оговорено во вкладной грамоте или в духовной). Приговор от 11 мая 1551 г. был компромиссом, при котором обе стороны пошли на серьёзные уступки. Вместе с тем выступление царя с критикой пороков монашеской жизни способствовало тому, что Собор утвердил ряд мер для устранения недостатков: была введена более строгая регламентация монастырской жизни, установлены ограничения для контактов монахов с «миром». Другим источником напряжённости стали податные привилегии архиерейских кафедр и монастырей (особенно в отношении их городских владений), существенно расширившиеся в годы «боярского правления». В городских владениях церковных корпораций образовались многочисленные слободы торговцев и ремесленников. Посадские люди не хотели терпеть конкурентов, которые не несли тягла и поэтому более успешных, а государственная власть была недовольна тем, что, поселяясь на церковных землях, торговцы и ремесленники тем самым избегали уплаты налогов. В проекте реформ 1550 г. с неудовольствием говорилось, что из-за устройства новых слобод «государская подать и земская тягль изгибла».