Таким образом, отношения между государством и церковной властями в 1550 гг. были достаточно противоречивыми, что приводило к конфликтным ситуациям; вместе с тем обе стороны стремились искать соглашения, идя подчас на серьёзные уступки друг другу. Из-за солидарного сопротивления духовенства светская власть не могла осуществить многие из своих планов. В истории отношений Ивана IV Васильевича и церкви важное место занимали события середины 1550 гг. Летом 1553 г. Иван IV Васильевич с семьёй совершил путешествие на север, в Кириллов Белозерский монастырь, оттуда царь «ездил и по пустыням» (Полное собрание русских летописей). Вероятно, в это время царь ещё испытывал какой-то интерес к нестяжателям и их идеям. Положение изменилось во время Собора, созванного в 1554 г. для осуждения еретиков, находившихся под влиянием идей Реформации (Матвей Семёнович Башкин и др.). На следствии, предшествовавшем Собору, и на самом Соборе стало известно о контактах между еретиками и нестяжателями (Артемием и людьми его круга), сосланными «для исправления» в различные монастыри. Когда на Соборе Рязанский епископ Кассиан стал «хулить» «Книгу на новгородских еретиков» («Просветитель») Иосифа Волоцкого, входившую в то время в круг постоянного чтения Ивана IV Васильевича, то царь и митрополит назвали этот труд «светилом Православию». Следствие по делу еретиков проводили по приказу царя старцы Иосифова Волоколамского монастыря Герасим (Ленков) и Филофей (Полев). Когда в 1555 г. было принято решение о создании в Поволжье Казанского архиепископства, первым Казанским архиепископом стал бывший игумен Иосифова Волоколамского монастыря Гурий (Руготин). На содержание нового архиерейского дома и других церковных учреждений выделили десятую часть доходов с Казанской земли. Архиепископу был вручён «Наказ» царя и митрополита с подробными наставлениями, как следует обращать в христианство казанских татар. Когда позднее, основав ряд монастырей для распространения христианства среди населения, архиепископ Гурий просил наделить эти монастыри землями, Иван IV Васильевич, выразив удовлетворение, что архиерей распространяет просвещение по примеру митрополита Макария, обещал это сделать. Впоследствии и Казанский архиерейский дом, и основанные в Казанском крае обители были наделены крупными земельными владениями (описаны в писцовых книгах Казанского уезда 1565–1566 гг.). Вместе с Гурием в новую епархию был послан ряд волоколамских пострижеников, один из которых, Герман (Садырев-Полев), стал преемником архиепископа Гурия на Казанской кафедре. В начале Ливонской войны Иван IV Васильевич стал принимать меры для распространения православия в Прибалтике.