На Соборе 1551 г. сам царь поставил вопрос об отмене несудимых грамот, были приняты соответствующие решения, которые были проведены в жизнь при пересмотре жалованных грамот в мае 1551 г. Распоряжение о подсудности белого духовенства епархиальному архиерею вошло в грамоты, выданные епископам, подсудность епископу зафиксирована и в грамотах, выданных монастырям. Однако при этом ряд обителей, например, Юрьев новгородский мужской монастырь, добились сохранения для себя прежнего порядка, а Иосифов Волоколамский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь был подчинён не епархиальному архиерею, а митрополиту Макарию. Вместе с тем в решениях Собора без сопротивления со стороны участников был зафиксирован ряд проявлений власти монарха над церковными учреждениями: царь мог определять состав служилых дворов архиереев, настоятели монастырей должны были назначаться «по государеву слову и совету», за царскими дворецкими было признано право «монастырскую казну и всякие обиходы монастырские... по всем монастырям ведати и посылати считать». Документы, современные Стоглаву, показывают, что за царём признавалась роль верховного арбитра при решении вопросов церковной жизни. Так, в наказе поповским старостам от декабря 1551 г. отмечалось, что они могут жаловаться епископу на агентов его администрации, «а не управит владыка», они могут обращаться с жалобами к царю. Не согласный с установленными в 1551 г. размерами «подъезда» (налога) с псковского духовенства Новгородский архиепископ Пимен в 1555 г. обратился с выражением недовольства не к митрополиту и Собору, а к царю. Источником напряжённости в отношениях церкви и государства был рост церковного (прежде всего, монастырского) землевладения. У носителей власти вызывало раздражение то обстоятельство, что земля, в которой власть нуждалась для испомещения дворянского войска, «выходит из службы». В таких ситуациях власть становилась восприимчивой к аргументам нестяжателей, утверждавших, что материальное обогащение монастырей пагубно влияет на образ жизни насельников. Характерно, что весной 1551 г. нестяжатель старец Артемий был поставлен во главе Троице-Сергиева монастыря, а близкий к нему старец Феодорит стал архимандритом Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня монастыря. В середине XVI в. вопрос о церковном землевладении вновь стал обсуждаться. В «Ответе» митрополита Макария подчёркивается неотчуждаемость церковных имуществ. В пункте 15 из первой серии адресованных Собору царских вопросов отмечалось, что в монастыри поступают вклады, они покупают земли, пользуются немалыми податными привилегиями, но «устроения в монастырех никоторого не прибыло»: монахи пьянствуют, ведут неподобающую роскошную жизнь, держат в кельях мальчиков и женщин, не исполняют заупокойных служб по вкладчикам, чернецы и черницы «по миру волочатся».